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在場外的一片抗議聲中，「第41屆台日經貿會議」於11月30日草草結束，雙方簽署了不痛不癢的兩個備忘錄，而之前台灣所關注的5項農產品輸日似乎早已被日本拋到九霄雲外。

經過一整天的協商，「亞東關係協會會長」邱義仁11月30日與「日本交流協會會長」大橋光夫正式簽署「台日產品安全領域交流合作備忘錄」及「台日語言教育交流合作備忘錄」。會後雙方各自召開記者會，台方記者會開放國際媒體採訪，但日方記者會僅限日本媒體參加。台「經濟部」標準檢驗局局長劉明忠稱，備忘錄有助於降低產品安全風險，讓雙方消費者享受更高的安全保護。

對於台灣爭取的印度棗、椪柑、番石榴、白肉火龍果及愛文品種以外的芒果出口日本，日方僅開放椪柑。至於台灣當局相當關注的跨太平洋夥伴關係協定(TPP)和經濟貿易夥伴協議(EPA)協商，日方僅表示「願意建構全面性日台經濟貿易投資關係的立場不變」。

台灣聯合新聞網11月30日分析稱，從日方團長大橋光夫開場時不顧東道主的顏面，批評在解禁福島產品問題上台灣傷害日本人民的情感，便註定這是一場充滿歧見的會議。日本希望借會議得到台灣對福島產品解禁的再次承諾，無奈在島內民意反對的氛圍下，台灣只能顧左右而言他;而在台灣方面，則希望通過會議讓五項農產品輸往日本，同時啟動「台日經貿夥伴協議」的談判，但在台灣沒有解禁核食品前，日本自然寸步不讓。

台日經貿會議是雙方「斷交」后的非官方年度大型會議，每年11月底由「亞東關係協會」與「日本交流協會」輪流在台北及東京召開。在今年會議上，日方各部會代表約50人，台灣方面則有「經濟部」轄下各機構、「行政院」與「立法院」等約百人與會，規模龐大。場外則是抗議聲此起彼伏。

11月30日，「愛國同心會」和「統一促進黨」等抗議民眾在台北市國賓飯店外高呼「消滅倭奴，消滅漢奸」的口號。他們氣憤地說，日本發生「地震」後台灣捐了好多善款，但駐日代表謝長廷與民進黨竟然配合要開放日本核災食品。同一天，「抵制日本鴨霸(霸道)、台灣揭竿起義」行動由雲林議員李明哲發起，多名民意代表自掏腰包在雲林各地宣傳反對日本核災食品輸台。國民黨台北市議員李新怒嗆，「大橋光夫在台北講這些話，是侵門踏戶蔡英文是你們的兒皇帝嗎？」他批評民進黨為了自己的政治利益，不惜犧牲台灣民眾與下一代的健康。整個民進黨都存在媚日的基因與次殖民地的心態，這已經成了其血緣的一部分。

屏東大學副教授鄭博文11月30日在《中國時報》撰文稱，台日經貿逆差嚴重，以今年到8月的資料，台灣輸日77.7億美元，日本輸台153.8億美元，凸顯出日本人一直在賺台灣人的錢。台灣對日本人已經夠好，當政府無能無力時，人民就要自力救濟，民眾應該自行抵制日貨，不要赴日旅遊。

聯合新聞網稱，自從2009年台日簽署投資協議以來，每年幾乎都會與日本簽署3至5項協議及備忘錄，而今年卻只有兩項備忘錄，可以說是未達到過去馬英九執政時的標準。此外，在台灣哈日氛圍下，每年參加日語考試的人數都在全球名列前茅，「教育交流合作備忘錄」有點畫蛇添足。文章說，由此可見備忘錄只是要掩飾台日之間沒有共識的煙霧彈，也是轉移外界對五項農產品輸日的忘憂草，「親日的民進黨上台之後，台日關係竟然比馬政府還不如，這應該是當時殷殷期待民進黨上台的日本所始料未及的吧」。

蔡當局主張開放日本福島核災區食品進口，今起三天將連辦十場「日本食品輸台公聽會」。國民黨昨天批評，蔡當局根本是先射箭再畫靶，根本已與人家談好，為趕上檯面下開放時間表，趕進度開公聽會虛應故事，欺騙民眾。

國民黨主席洪秀柱質疑，民進黨當局選前強烈反對福島核災食品進口，多次強調此舉是「毒害台灣人民」，如今完全執政后，選后就說可以開放。民進黨選前不信日本檢驗，選后強調重視科學數據;從「堅決反對核災食品」到「偷偷開放」，人民能接受嗎？<

對於國民黨批評，台當局「行政院食品安全辦公室主任」許輔表示，公聽會是遵照「立法院衛環委員會」在11月7日決議辦理，選在周末是方便民眾來參與。對於外傳當局將在本月底開放日本核災區食品，許輔說，他沒接獲指示，也沒這樣的訊息。