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　　文永之役，元軍撤退時遭暴風雨襲擊，日本朝野認為是神風天祐，全國範圍內展開了大規模的祈神活動，當時不僅天皇在祈神，幕府的實權者北條時宗也在祈神。同時，為了防禦元軍再次入侵，鐮倉幕府執政北條時宗大力加強備戰：一是加強長門守護所的力量，任命胞弟北條宗賴為長門守護，防衛中國西部；二是增派北條實政去鎮西主持九州方面的備戰工作；三是費時五年，由籐原經資負責築起一條西起今津，東至箱崎的高六尺厚一丈長十餘公里的石壩。
　　另一方面，由於忽必烈第一次征日的目的是想逼迫日本投降，忻都等人便利用了忽必烈的這種心態，以「入其國，敗之」的戰績掩飾了元軍因遭受暴風雨的襲擊而敗退的實情。
　　元世祖忽必烈以為日本受到了打擊，非常高興，立即派遣禮部侍郎杜世忠、兵部侍郎何文著等人持國書出使日本。結果，剛愎自用的北條時宗認為是對他的侮辱，不僅不接受國書，而且違反兩國交兵，不斬來使的慣例，將元使一行三十餘人，在鐮倉龍口處斬。元滅南宋，統一中國後，南宋降將範文虎請以自己的名義再次遣使日本，結果又遭殺害。忽必烈忍無可忍，決心以武力征服日本。據說，諸將向忽必烈辭行時，忽必烈囑託要齊心合力，以大局為重，不要濫殺百姓。看來，他是想要佔領日本了。
　　這次征日，元軍分兵兩路。命範文虎去江南收集張世傑舊部及其他自願從軍者計十萬人，戰船三千五百艘，組成江南軍，由範文虎統帥，從慶元(今浙江寧波市)啟航，東渡日本。命洪茶丘至東北，招募瀋陽、開原等地自願從軍者三千人，由其指揮。忻都仍統率蒙古軍。又任命高麗將領金方慶為征東都元帥，統率高麗軍一萬人、水手一萬五千人，戰船九百艘，軍糧十萬石。三軍合計約四萬人，組成東路軍，取道高麗，過對馬海峽，進攻日本。兩路元軍由元軍宿將阿刺罕統一指揮，定於至元十八年(1281)六月十五日在壹岐島會師。
　　至元十八年(1281)五月三日，東路軍從合浦啟航，開往巨濟島。五月二十一日，進攻對馬島的世界村(上島佐賀浦)、大明浦，守島日軍雖頑強抵抗，但因重寡懸殊，全部戰死。元軍佔領對馬島後，不顧忽必烈的指示，大肆殺掠。第二次元日戰爭爆發，日本史書稱之為「弘安之役」。
　　當日方得知元軍入侵對馬、壹岐兩島後，在鎮西奉行少貳籐原經資率領下的守護部隊立即進入沿海石壩陣地，嚴陣以待。日軍總指揮為籐原經資，副將大友賴泰，統率的部隊除籐原經資的「三前二島」的禦家人武士部隊外，還有築後守護北條宗政、肥後守護安達成宗、豐後的大友和薩摩、大隅、日向的島津久經的部隊，一線部隊總計有四萬餘人。另外，宇都宮貞綱率領約六萬中國地方的武士部隊，作為增援軍在必要時將前往築前。
　　五月二十六日，東路軍攻入壹岐島。忻都為爭奪頭功，無視在壹岐島同江南軍會師的作戰部署，貿然進攻博多灣。六月六日，忻都派出一支小型艦隊，前往長門海域牽制守軍，使其不敢救援大宰府，大部隊開往博多灣。進入博多灣後，才發覺沿海灘頭築有石壩，難以登陸。此時，偵察部隊探知志賀島和能古島防禦薄弱，也未築石壩，遂命令艦隊靠近志賀島錨泊。當夜，松浦黨禦家人草野次郎經永，率少數部隊偷襲元軍，縱火燒船，給元軍造成一些損失。
　　七日晨，洪茶丘率軍登陸，佔領志賀島。志賀島狹長，退潮時露出的海灘可直通陸地。為了從側後進攻博多灣，元軍奮力搶佔海灘。由於元軍擅長集團攻擊，而日軍則擅長一騎打，在連日的海灘爭奪戰中，元軍損失慘重，被殺千餘人，洪茶丘還差點兒被日軍副指揮大友賴泰之子大友貞親斬殺。戰事不利再加上後勤供應困難，忻都等遂決定於六月十五日率軍從志賀島撤退，駛向壹岐島，與江南軍會師。
　　江南軍方面，五月時，據偵察得知日本平戶島守軍均調至大宰府，阿刺罕決定將會師地點改為平戶島。六月初，江南軍派出先遣艦隊前往壹岐島與東路軍聯繫。籐原經資獲知後，率部進攻壹岐，激戰兩日，日軍敗退。
　　此時出現重大變故，本次征日的總指揮、元軍宿將阿刺罕突然病死，忽必烈任命阿塔海接替指揮，但阿塔海未能及時到任。但江南軍統率範文虎認為先遣艦隊早已發出，不宜久等，遂在阿塔海尚未到職的情況下，令江南軍於六月十八日分批開航。當阿塔海趕到出發地點慶元時，範文虎已率軍揚帆東渡了。
　　七月，範文虎、李庭率江南軍十餘萬人，戰船三千五百艘，到達次能、志賀二島，與忻都、洪茶丘所部會師。七月二十七日，元軍在開往鷹島途中，先頭部隊遭日本水軍攻擊，激戰至天明，日軍撤退。兩路大軍會師後，軍勢大振，本應立即進攻大宰府，卻遲疑不發，估計是因為天氣惡劣。元軍兩路統帥均無航海常識。只有江南軍張禧所部和也速得兒所部才將戰船疏開(相隔五十步)錨泊，以避免萬一遭到颱風，戰船互相碰撞。
　　八月一日，颱風襲來，元軍船毀人溺，師喪大半。江南軍張禧所部和也速得兒所部由於事先做了準備，損失不大。颱風過後，張禧和也速得兒率部救援落難元軍，落水的範文虎被張禧救起。張禧立即向範文虎建議：江南軍士卒未溺死者尚有半數，而且都年輕力壯，如果將他們組織起來，強行登陸，作背水一戰，置之死地而後生，也許能登陸成功。但範文虎貪生怕死(剛剛才被救起來)，要立刻班師。此時，平戶島尚有被救起士卒四千人無船可乘，範文虎命棄之不顧。張禧不忍，將船上的七十五匹戰馬棄於島上，載四千士卒回國。另外，被遺棄在日本海島上的元軍士卒尚有三萬餘人，大部分戰死，被俘者中，除少數被留作奴隸外，其餘大部慘遭殺害。
　　第二次元日戰爭最終也遭遇颱風而失敗。這次失敗的主要原因是：一是中途易帥，無人指揮。在當時通信工具極不發達的條件下，進行這樣大規模的渡海登陸作戰，沒有主帥親臨指揮，豈有不失敗之理！二是兩路大軍各行其是，沒有嚴密的協同作戰。三是統率畏懼不前，貪生怕死。四是不熟悉戰區的水文氣象條件。
　　忽必烈兩次東征日本均以失敗告終，但他仍一意孤行，準備第三次征日。結果因為忙於鎮壓人民起義和大臣的勸諫，未能實現。至元三十一年(1294)正月，元世祖忽必烈逝世，征日計劃也就隨之中止了。