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蔡英文是李登輝時期明德小組成員，這是聯美日抗中的秘密小組。蔡上台後，美日台準同盟關係必將逐步形成。

台灣漁船在日本沖之鳥礁附近遭日本政府扣押，引起台灣內部尤其是國民黨看守內閣極大反彈。相對於藍營的強烈作為，即將執政的民進黨卻相對低調許多，蔡英文內定的駐日代表謝長廷更表示，不希望因這起事件傷害到台日的密切關係，很明顯綠營是希望能夠息事寧人，不願將漁業糾紛上升到政治對立的局面。

在對日本關係的思維布局上，綠營或者說是準總統蔡英文和現任總統馬英九的考量有一百八十度的不同。馬英九在情感上或者歷史的情結上，對日本始終持著不友好的態度，所以馬上任以來，一反過去李登輝及陳水扁親日聯美抗中的外交戰略，改以親中疏日尊美的部署，兩岸關係成為馬英九任內對外連結的上位政策，日本對馬英九而言，可以說是在外交戰略中很弱的一環。

反觀蔡英文，在李登輝時期，她是國安密帳中最重要的專案「明德小組」的成員，這個小組是由日本方面在一九九六年提出來，透過美日台的枱面下定期運作，在情報外交、甚至是軍火和國際戰略上密切且秘密地合作，台灣是出資方，透過日本的需求影響美國的決策，參與者都是日本的軍、情、政高層人物，台灣則由李登輝及前國安會秘書長殷宗文直接指揮。明德小組簡單地說就是聯合美日對抗中國大陸的秘密小組，而蔡英文在李登輝任內的後期就直接加入明德小組的運作，讓她在美日政界打下深厚的基礎。

因此，當蔡英文在安排駐日代表人選時，讓有京都大學背景、又擔任過行政院長和民進黨主席的謝長廷出任，就可以看出蔡英文對日本關係的重視遠遠超過馬英九，而蔡對日的基調也將恢復過去聯美日抗中的路線，這或許才是她在未來兩岸關係上最難化解的對外關係架構。

蔡上任後，美日台準同盟關係必將逐步形成，台灣將拉攏日本影響美國，重新扮演圍堵中國大陸的第一島鏈角色。軍事戰略上，台灣勢將重新啟動在李登輝及扁時代完成設計試驗的中程彈道飛彈和增程巡弋飛彈的量產及部署，兩岸勢必又會引發一輪冷戰對峙。

隨著五月十二日張善政內閣總辭，對日鷹派的主張也將鞠躬下台，代之而起的是親日的鴿派主政，沖之鳥礁糾紛將大事化小，小事化無。台日關係相對於馬政府會有迅猛的發展，台灣將又重新成為美日亞太戰略中的一顆棋子，兩岸關係表面上不會有太大的退步，但實質上卻因為日本因素介入而產生巨變，這將是蔡英文上台後最值得觀察的重點。