結束「南北朝」的室町幕府
鐮倉幕府成立的基礎，是以莊園或公有土地為地盤的御家人。地方領主為了保持其權勢，不似往日之將其領土分給諸子而改成嫡長子繼承制，其餘庶子則成為部屬。但是隨著世代的繁衍，有一些庶子不能成為部屬，而跟隨其他有財勢的御家人或名主(非幕府直屬的領主)。又由於商品、貨幣較前流通，都市的生活方式滲透鄉間農村，武士的消費習慣改變，土地的收益已經無法支應，他們不得不向其他御家人或高利貸告借，御家人與名主之間開始出現兼併的情況。其中莊園內武士式名主，開始將其他獨立的中小名主納入其下，由於他們採取抵抗幕府或其他莊園領主，時人稱之為「惡黨」。
另外，面對幕府由北條氏掌權，並逐漸向「得宗專制體制」發展的局面，地方上一般御家人階層與直屬得宗家的武士開始對立，中央則是北條氏與其他氏族對立。在這樣的情勢下，在後醍醐天皇主持下，於1324年開始討伐幕府的活動，其間面臨數次失敗，後醍醐天皇甚至被流放。但在1333年，由於足利尊氏的倒戈，使得局勢轉變；最後，奉檄討伐幕府的軍隊攻陷鐮倉，消滅北條高時等人，幕府滅亡。
鐮倉幕府滅亡後，公卿集團與武士集團的矛盾使得日本又陷入長期的動亂。這是因為公卿將主政視為必然，對武士採取疏遠態度；而武士雖然對於政治較不關心，但重視領土的分封與一家的榮升。因此，眼看只有公卿勢力發展，自己所期待的恩賞並未獲得，所以心生不滿。再加上公卿無法迅速解決戰後的亂局，行政缺乏效率，加深了武士及一般民眾的叛離意識。於是武士集團便在足利尊氏的領導下，與皇室及公卿集團所領導的朝廷對抗。於1336年攻入京都，幽禁後醍醐天皇，自任征夷大將軍，開幕府於室町，重建武士政治體制。
其後，後醍醐天皇逃往吉野(奈良縣)。此後57年，日本政權便有以吉野(南朝)、京都(北朝)為中心的兩個朝廷，進入南北朝時代。
南北朝內亂可分為四個階段，亦可視為室町幕府創建的四個階段。
第一階段是1336年到1347年。此階段的發展是1339年後醍醐天皇病逝，1340年南朝經營東國失敗，加上尊氏瓦解支持南朝的武士、寺院與神社，而造成南朝的軍事力量幾乎喪失，1347年足利軍攻入吉野，吉野行宮全毀。在北朝之中，足利氏也逐漸掌握實權，然而尊氏儘量與公卿寺院、神社勢力妥協，欲以和平方式奪得政權，故有財勢的寺院、神社之莊園領主的力量得以維持，但卻成為武士彼此對立的原因。
第二個階段是到1358年尊氏去世為止。此時期的特徵是武士之間的內鬨，由於對於欲建立獨立領主制的小領主階級(為逃避原先莊園領主的各種負擔)的態度不同，使得足利尊氏(主張加強守護之權)與其弟足利直義(主張妥協)對立，導致尊氏為討伐直義而降於南朝。結果是1352年直義敗死於鐮倉，而武士內部的傾軋，使得南朝得以苟延殘喘下去。
第三個階段是到足利義滿於1368年就任第三任將軍為止。這段時期的發展是地方的守護與「國人」(國衙領土內的居民)階層，各自發展其實力，逐漸成為雄據一方的勢力，使得日本成為「守護領國」的情況。
第四個階段是足利義滿就任將軍後，確立採取軍事專制體制的時期。在守護領國的秩序下，國內逐漸分成幾個大的勢力而較為安定。1391年，足利義滿在打倒割據一方的大守護山名氏之後，得以鞏固幕府的專制權；並以此為基礎，於1392年時逼南朝的後龜山天皇讓位，使得義滿所擁立的北朝後小松天皇成為名義上的共主(自是而後，其子孫世代為天皇，直至於今)，也終止了長達57年的南北朝時期。
1378年時，足利義滿在京都的室町營建了一所壯麗豪華，頗有公家風味的宅邸－「花之御所」，所以歷史上稱足利家所創建的幕府為「室町幕府」。
另外，1394年足利義滿利用位於河內國的領地交換獲得「北山第」山莊，並開始大興土木整理改建。隔年他卸下征夷大將軍職位，讓給其子足利義持，並出家入道，只保留太政大臣的頭銜督政，1397年他將北山第改名為「北山殿」，作為自己修禪的場所。由於義滿將北山殿中舍利殿修築得金碧輝煌，當時的人就稱之為「金閣殿」。義滿死後，其子遵照他的遺願，將北山殿由宅邸用途改為禪寺，並以義滿的法號命名為「鹿苑寺」，就是現在眾所周知的「金閣寺」。
室町幕府和鐮倉幕府一樣，以代天皇統治全國的思想，設立各種機構與官職。將軍仍是幕府行政的最高負責人，綜理一切政務。其下置「管領」，類似鐮倉幕府時的「執權」，目的在輔佐將軍處理政務，為了防止如北條氏的擅權情況發生，並產生相互制衡的效果，所以管領一職例由足利氏一族的斯波、細川、畠山三氏輪流擔任，謂之「三管領」。
管領之下仍有侍所、問注所、政所等機構。其中以侍所最為重要，負責處理足利氏御家人的統制與刑事訴訟，其首長為「所司」，例由山名、一色、京極、赤松四氏擔任，謂之「四職」。透過「三管領」與「四職」的設置，幕府得以籠絡這些守護大名。
問注所為保管幕府紀錄文件，負責處理文書之謬誤、偽證、證件遺失等訴訟之審理工作，其首長稱為「執事」。政所與鐮倉幕府處理一切政務有異，為主持幕府財政，並審理有關買賣、借貸、質押等方面的問題，其首長亦稱為「執事」。
另外在鐮倉地方設有「關東御所」，其下有「關東管領」。關東御所由尊氏次子基氏及其子孫世襲，管轄日本東部、東北部地方，除了守護由將軍任免外，其他事務均委由其手，有與幕府相同之機構，結果造成之後不時有關東管領與室町幕府對立的亂事。此外，在九州設有「九州探題」，東北地方設有「奧州探題」、「羽州探題」等官職，也都由有力的守護大名世襲擔任。
與鐮倉時代一樣，室町幕府在諸國置守護、地頭，惟其性質與鐮倉時代有異。鐮倉時代的直屬幕府的守護與地頭，俱為將軍的御家人，有主從關係。但在室町時代，為對抗南朝，將軍需要他們的協助，形成一種聯合的政權，他們對將軍無絕對服從的觀念，端看利害關係來決定如何行事。諸國守護也由原本軍事的機構，逐漸吸收國衙所屬機構的權力(行政、財政、警察等)，將莊園納入其統治之下，並且透過世襲強化其勢力，這樣的情況被室町幕府納入體制之後，稱為「守護領國制」，也稱為「守護大名」。
自南北朝起至戰國時代，下層階級崛起而凌駕其主子者，時有所聞，或以武力，或以其他方式取代原屬主人的地位，亦即以下凌上，被稱為是「下剋上」。此一風潮說明了封建社會發生變動的特殊現象。具體言之，就是古代的朝廷、公卿勢力沒落，封建初期的幕府、守護之權威掃地，門閥血統(公卿)的價值降低，而變成具有經濟、武力等實力者方能享有權勢。
在應仁之亂以後到織田信長(1534~1582)、豐臣秀吉(1536~1598)之織豐政權誕生為止的一百年間，以實力獲得地位的戰國大名割據各地。戰國大名最大的願望就是打倒四周的敵人，然後挾天皇以令諸侯，稱霸天下。所以其治理領國都在戰時體制下，首先設法安定民生，並以此為前提謀求達到富國強兵。因此，他們都採取嚴厲的法治主義，實施此種政治標準的法令，則稱為「分國法」、「國法」、「家法」、「壁書」等。他們制訂此種法令的目的在於：
1、使大名的權威具有絕對性；
2、嚴格管制其家臣團與農民；
3、家臣團的婚姻、繼承、通信等，採許可制；
4、與「國」外的交通作嚴格的限制；
5、嚴厲執行維持治安上的刑罰，使其領國內的民眾瞭解其戰時體制下獨裁政治的方針。
儘管足利家在政治與經濟方面努力維持政權的存續，但是社會結構的變動仍然衝擊了足利幕府的統治。幕府在足利義滿時期實施軍事專制體制，強化了足利一家的政治實權，但是在本質上仍然是各守護大名的聯合政權，幕府將軍則是這一聯合政權的領袖。義滿之後，幕府將軍逐漸成為名義上的領袖。雖然足利一家沒有像鐮倉幕府一樣，大權旁落北條氏，三代即亡；但是由於關東管領的對抗，各守護大名之間的爭戰，使得足利幕府越來越不能控制地方。
各國守護大名針對其領國的統治，也同樣不安定，他們所能直接支配的農民只有其原有領地，其他則委由各地的小名主，而這些小名主也逐漸侵蝕守護的支配權。
就在幕府對守護支配動搖，守護對其領地支配動搖的社會背景下，應仁元年(1467)在京都爆發了武士集團的大會戰。應仁之戰爆發的直接原因，是因為將軍家的繼承問題發生爭執，當時武士集團分成兩個陣營，東軍以管領家細川勝元為首，挾天皇、將軍自重，擁兵十六萬；西軍則以當時四職的重鎮山名持豐與守護大名大內政弘為首，擁兵十一萬。在1467年到1477年這十年間，雙方在京都僵持不下；最後在勝元、持豐相繼病死，政弘返回自己的領國之後，雙方部隊才散。由於主戰場在京都，造成京都的殘破，公卿們被迫逃離京都，幕府權威完全掃地，諸國守護愈加獨立。從應仁之亂開始，有百年的時間群雄互相攻伐，擾攘不安，史家稱之為「戰國時代」。
當時足利幕府仍在，但是已像天皇一樣，僅有政治號召的價值。像面對此一亂局的第八代將軍義政(1436~1490)即無意於政治，甚至在戰亂中，還於京都東山經營別墅「銀閣寺」。其後雖有將軍欲重整幕府威勢，但都未成功。
