日本近代佛教的變革
西學對日本社會的發展起了相當大的推動作用，使日本「在逐漸轉向西方尋求新的文化模式方面，提供了從早先的文化權威中解放出來的真正的證明」。但是，正如海老澤有道所指出的：「基督教在向武斷的專制統治者、封建政治家、儒士、佛僧顯示其教會的世界性的同時，也顯示了不可允許的危險思想。西歐的思想、學問、文化在日本社會成熟以前，已為國家提供了斷然禁教的理由。」以禁教和貿易統治為核心，以鞏固政權為目的的鎖國政策，就是在這種歷史背景下頒布的，儘管它的施行，並沒有堵塞西方文化的傳入，也沒有使日本「在世界上處於完全孤立狀態」。事實上，在日本重新統一之際，除了基督教以外，佛教也受到過壓制，而且，近世日本的佛教史，就是以此為開端的。
1467年「應仁之亂」爆發以後，曾極大地依賴於室町幕府扶助的佛教勢力，特別是京都五山佛寺的影響日益削弱。同時，本身服從於統治勢力的佛教界，在戰國時期逐漸政治勢力化，大寺院紛紛成為封建實體。這，不僅不可避免地使之遊離民眾生活，而且成為重新統一日本的一大障礙。因此，當織田信長(1534~1582)邁出統一的第一步時，即將矛頭對準了佛教敵對勢力。在平息了佛教淨土宗的首要寺院石山本願寺及其追隨者的叛亂後，1571年，織田信長又平息了佛教信徒在伊勢的長島發動的叛亂，殺了約2萬佛教信徒。同年，他還在對比叡山延歷寺進行了毀滅性打擊。「在一場放肆的大屠殺中，信長實際上消滅了古代日本最大的學術和宗教中心。」相反，豐臣秀吉(1536~1598)則對佛教採取了有力的控制措施。除了剝奪各寺院的政治、經濟、軍事權力以外，1595年，他又從天台、真言、日蓮、淨土、一向等宗派裡各抽100名僧侶進行所謂「千佛供養」。這一措施，標誌著豐臣秀吉對全國佛教的統治的確立。隨後，他又下達了一系列法令、法度，完善這種統治。
德川幕府成立後，為了進一步加強這種統治，建立了兩項重要制度：本末制度和檀家制度。本末制度，即確立各宗派本寺、中本寺、直末寺、孫末寺等上下統屬關係。檀家制度是隨著幕府強化對基督教的禁教政策而對以前類似制度的強化。所謂的「檀家」意為「施主」。自1640年開始，幕府先後在中央和各藩設立了所謂的「宗門改役」，規定民眾在婚姻、旅行、遷徙、擔任公職時，必須具有寺院開的證明其是佛寺「施主」，不是基督徒的文書，編製類似於戶籍的帳冊，使各家各戶同寺院建立特定的聯繫。
需要指出的是，幕府的規制沒有壓制佛教的發展。相反，江戶時代作為佛教一大特色的各宗派學術機構的設立以及各宗學說明顯的勃興，在很大程度上就歸因於幕府為統治佛教而制定的各項政策。而且，在統治的同時，幕府要求各宗派開展教學研究。正是在幕府的鼓勵下，各宗派相繼建立了一些學寮、勸學寮、勸學院等開展教學的機構。但是，既然獎勵教學同幕府維持封建統治的政策具有密切關聯，那麼「扶正驅邪」也就成了一種定例。這種定例在日蓮宗、真宗、天台宗、真言宗等宗派中俯拾皆是。
另一方面，這種「扶正驅邪」雖然很容易導致教學的定型化，使各宗派難以開展學術交流，但卻使宗學內容得以整理並體系化。例如，1764年，淨土宗西本願寺文如宗主命學林的宗學者編纂了《22種邪義問答》。1827年，淨土宗東本願寺派妙音院了祥，也編纂了《異義集》。這種宗學的整理和體系化，為明治以後近代佛教的形成奠定了基礎。
同時，在這一時期，佛教各宗派出現了新的共同的傾向，即宗教學說和世俗倫理的緊密結合。這種結合，同戰國時代後成長起來的現世人文主義傾向，以及作為維護幕藩體制理論根據的五倫五常朱子學倫理，是相對應的。並且，這種結合也意味著對儒學者以佛教的非倫理性、非經濟性的指責為核心的排佛論的反擊。
各宗各學的這種結合，大多採用了將佛教的「四恩」(佛教術語，即四種恩德。有二說：1。父母恩、眾生恩、國主恩和三寶恩；2。父母恩、師長恩、國主恩和施主恩。)、「五戒」、「十善戒」等說教同五倫五常的倫理觀點相結合的形式。為了求得同儒教理論的妥協，它和維持、擁護幕藩體制的生活規範是相始終的，並因此而出現了作為自身整肅的「戒律復興運動」，以及護法思想的發達。
檀家制度的實施，雖然使民眾同佛教有了密切聯繫，但這並不意味民眾理解並信仰各個宗派的說教。準確的說，大多數民眾是通過將佛教的各項禮儀融解在日常生活習俗中的方式來接受佛教，並使之多樣化、普遍化、生活化的。這是江戶時代佛教的一大特色。
進入近代後，佛教的變化主要通過明治早期、中期、晚期的三個浪潮表現出來，即：廢佛毀釋和佛教的覺醒，國家主義的抬頭和佛教革新運動，近代佛教的形成。
廢佛毀釋(釋迦牟尼像)早在江戶時期就已開始了思想準備。以林羅山等人為首的儒學者，早在江戶時代初期就指出，佛教的遁世解脫的教理有害無益。自江戶時代中期，隨著國學的勃興，平田篤胤等為了復興古神道，進一步提出了「廢佛論」。中井竹山、正思考祺等經濟學者對佛教進行了非難，他們認為，僧侶的寄生生活是經濟上的重負。並且，廢佛論者不僅僅停留在思想上的攻擊，同時還採取具體措施。例如，在天保改革時，水戶藩斷然廢止或合併了一些寺院。薩摩、筋和野等藩也整頓了一些寺院，並開始推行神佛分離。
雖然在廢佛論出現的同時，佛教方面也發出了護法論，但是，由於佛教厭世、否定的教義與政府富國強兵的宗旨相悖，因此必然要受到排斥。1868年，明治政府下令神佛分離，在神社中掃除一切佛教因素。這一命令，後來演變成了廢佛毀釋運動。
19世紀90年代後，隨著一系列政治改革的實施，一些佛教界人士提出了佛教革新理論，如井上圓了撰寫了《真理金針》、《佛教活論》；中西牛郎撰寫了《宗教革命論》、《宗教大勢論》、《佛教大難論》、《新佛教論》，等等。另外，佛教改革運動也日盛一日，如田中智學創立了蓮華會，大道長安創立了救世教，奉觀世音菩薩為主佛，視法華經觀世音菩薩普門品經為正經。
19世紀末，日本全面進入了近代化軌道。佛教原來的護國即護法觀、佛教國益觀已不能適應時代的要求。於是，佛教內部以原始佛教和鐮倉佛教為線索，外部通過和基督教及近代思想的接觸，也開始了近代化。佛教近代化的明顯特徵，就是試圖擺脫長期以來同政治權力的結合。1899年，古河勇等結成了「佛教清徒同志會」(後改名為「新佛教同志會」)，翌年創辦了《新佛教》雜誌，以振興信仰、改善社會、自由探討、杜絕迷信、否定教團制、獨立於政治權力為目標，努力否定舊佛教，樹立新佛教。在這種形式下日本佛教進入20世紀。
