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　　明末，社會矛盾繼續加深，土地空前集中。神宗時，皇室的莊田達兩萬一千多頃，其中一部分已擴張到江南。神宗之弟潞王在湖廣等地占田四萬頃。神宗子福王朱常洵在山東、河南、湖廣占田兩萬頃，三女占田共七千五百頃，以後桂、惠二王又佔田一萬頃。直隸、山西、山東、河南、四川、湖廣等省王莊密佈。地主官紳也爭相置產，這些人對田土的侵奪，比王莊、皇莊尤劇。河南的縉紳富室占田少者五七百頃，多者千餘頃。在土地肥沃的蘇、松、杭、嘉、湖五府地區，已達到「有田者十一，為人佃作者十九」的程度。在擁有水利灌溉的成都平原地區，十分之七的土地是王公占田。在封建地主階級兼併土地過程中，大量勞動人民淪為貴族、地主的佃農、雇工和奴僕。王公、勳戚向佃農徵收高額銀租，每畝地收租銀三分、五分，甚至一錢。桂惠二王年收租銀至三萬兩，福王每年收租銀達四萬六千餘兩。一般地主豪紳則主要徵收實物租，江南一畝之收，多則三石，少者不過一石，私租卻重至一石二三斗至兩石。除正租外，還有各種附加租額和從地主那裡轉嫁來的差役、賦稅和高利盤剝。
　　貴族、地主對佃農的人身束縛也很嚴重。河南等地的佃農不僅須無條件地替地主服各種雜役，而且未經地主給假不得自由行動。豪紳地主和王府親隨在各地私設公堂、吊拷租戶、駕帖捕民、格殺莊佃，無所不為。淪為長工和奴婢的農民，無論在法律上和實際生活中都沒有自由可言。神宗時，江南等地的地主士紳往往有役使奴僕千百人者。奴僕的身份比長工、佃農更為低賤，一經與主人立契，世代都不能脫籍，時稱「世僕」。
　　封建國家的賦稅徭役也極為苛重。一條鞭法在具體執行中弊竇滋生，難以減輕廣大貧苦農民的負擔。丁銀(即分配到丁口中的差役銀)苛重，分配不均。有的重至三分、五分，還有的重至一錢、三錢甚至五錢。地主富戶往往買通官吏，躲避差徭，把丁銀分派在無地或少地的農民身上。在折銀方面，貧苦農民需賣糧食繳納賦役銀，又要遭受高利貸和商業資本的盤剝。許多人無銀可納，無糧可賣，無貸可借，只有流亡。田賦加派不斷增多。萬曆四十六年，明朝統治者因遼東的戰爭，在各地加派賦稅，稱為「遼餉」。崇禎時又因鎮壓農民起義先後加派「剿餉」和「練餉」。舊餉加三餉每年要增賦銀兩千多萬兩。地方官吏還從中加征「火耗」，甚至加二加三，以至一些中小地主也相繼破產，農村經濟日益凋敝。
　　為了攫取更多的貨幣，躲避差徭，官紳地主多兼營官店、牙行、囤房、典債、鹽酤等。在北京的勳戚王公除霸佔莊田外，又紛紛經營窯場(煤窯、灰窯)，開設店舖。他們利用封建特權在各地包攬商稅，壟斷市場，無所顧忌地掠奪城市貧民、小商人、小手工業者的財富。與此同時，明朝政府也加強了對工商業城鎮的掠奪。從萬曆二十四年起，神宗派出大批礦監稅使，以徵收礦稅、商稅為名，在各地大肆搜括各種珍寶和金銀。這些宦官在各地公行搶掠，隨意捕殺人民，還在城鄉交通路口設置關卡，苛稅極其雜多。工商業比較發達的城鎮中，不斷出現店舖倒閉、手工業工人失業的現象。在礦稅監的橫暴掠奪下，城市的工商業日趨凋敝。自二十七年後，各地紛紛爆發城市居民反對礦監稅使的鬥爭，參加鬥爭的基本群眾是城市的下層居民，包括小商人、小手工業者和城市貧民。較大規模的城市居民的反抗運動，反映了封建社會後期階級矛盾的激烈和擴大。
　　封建統治者更加窮奢極欲。明神宗除揮霍每年送入皇宮的一百二十萬兩金花銀外，還覺用度不足，一次即向戶部索銀二千萬兩，皇太子和公主的婚禮費用銀達九百三十四萬兩，皇帝修陵墓用銀達八百萬兩，宮內奴役宮女九千人，宦官上萬人。而貧苦農民在殘酷的封建剝削下，卻經常吃草根樹皮，在災荒的年月甚至吃雁糞、白土和石粉，到處是饑饉和死亡。萬曆十五年前後，被統治者稱為「饑民」、「叛民」、「山賊」、「流寇」的破產農民，已經不斷掀起聚眾抗官的鬥爭；十六年，在今安徽、湖北、江西交界地區，爆發了劉汝國領導的農民起義。起義軍「割富濟貧」，隊伍很快發展到數萬人，劉汝國自稱「順天安民王」、「劃富濟貧替天元帥」。次年春，劉汝國被俘犧牲，起義失敗。明朝後期，各地農民也紛紛利用白蓮教組織起義，其中主要的有熹宗天啟二年五月，徐鴻儒、王好賢等於山東鄆城一帶領導的起義等。
　　明代後期，統治階級內部的鬥爭也十分複雜尖銳。以皇帝、宗室、宦官、勳戚為主的皇家地主集團和包括權臣以及各地官紳在內的官紳地主集團是當時社會上主要的統治勢力。中小地主、中下級官吏和地主階級知識分子的一部分依附在大地主集團的周圍，是大地主集團利益的維護者，在萬歷時分為浙、楚、齊、昆、宣各黨，天啟時大多合為閹黨。另一部分則在經濟上受排斥，政治上無勢力，為了挽救明朝的統治危機，他們也形成一股政治力量，與大地主集團展開激烈的衝突，被稱為東林黨。東林黨人是大地主集團的反對派，代表了中小地主階層的利益，他們的主張也部分地反映了新興市民階層的要求。儘管非東林黨之間也有矛盾，但它們都一致攻擊東林黨。在這些黨派之中，以浙黨聲勢較大，浙黨首領沈一貫、方從哲還先後出任內閣首輔，地位十分顯赫。萬曆後期，黨爭以爭國本為主線，先後有三王並封之爭、福王就國之爭、三案之爭。李三才入閣的事件也成為當時黨爭的中心。在黨爭過程中，東林黨人反對當權派的胡作非為，反對王公、勳戚對田土的掠奪，反對礦稅監的橫徵暴斂。其鬥爭有一定正義性，也產生了一定的成效。在東林黨的反對下，神宗終於立常洛為太子，勳戚鄭氏的勢力受到一定的壓抑。
　　熹宗天啟年間，黨爭達到高潮。最初，東林黨曾佔上風，不久，反東林諸黨與宦官魏忠賢相勾結，形成「閹黨」，對東林黨施以殘酷的報復。天啟五年，楊漣、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顧大章被逮錦衣衛獄論死。六年，又先後逮捕高攀龍、周順昌、黃尊素、繆昌期、李應升、周宗建、周起元等人，高攀龍在無錫自殺，其餘皆入北京詔獄，蹂躪以死。各地群眾為了保護蒙冤的東林黨人，進行了反閹黨的鬥爭。同年三月，魏閹緹騎到蘇州逮捕周順昌，蘇州群眾極為憤慨，方開讀假詔時，群眾即起而打擊緹騎，當場擊斃緹騎一人。後為首的顏佩韋、周文元、楊念如、馬傑和沈揚五人被處死。這次事件即著名的“開讀之變”。
　　熹宗天啟七年，陝西大饑，澄城知縣張斗耀向農民勒逼租稅，催征峻急，三月，貧苦農民王二率饑民衝入縣城，殺張斗耀。此次起義揭開了明末農民起義的序幕。起義的烈火很快遍及陝西的中部和北部。崇禎元年，王二集聚饑民和一部分黃龍寨的回族人民轉戰蒲州(今山西永濟西)、韓城等地。府谷王嘉胤、漢南王大梁、安塞(今陝西安塞東南)高迎祥等響應王二，先後舉行起義。他們劫縣獄，敗官軍，聲勢日震，有的並向陝南發展。起義的群眾有饑民、難民、邊兵和驛卒，但多各自為戰，彼此間還缺乏聯絡。崇禎三年又有神一元、不沾泥、紅軍友、點燈子、李老柴等「所在蜂起」。李自成即在此時參加起義，初在不沾泥部下，後歸高迎祥。張獻忠也在延安起兵，號「八大王」。同年，王嘉胤攻佔山陝府谷、延安、慶陽等地，王自用、高迎祥、張獻忠等擁其為盟主。次年，陝西的農民軍紛紛向山西轉移，號三十六營，部眾至二十餘萬，農民軍的聲勢也越戰越強。
　　面對農民起義蓬勃發展的局勢，明統治者任命楊鶴為三邊(延綏、寧夏、甘肅)總督，對農民軍採取了剿撫兼施、以撫為主的方針，但起義軍卻視總督如兒戲。次年明廷宣佈招撫失敗，下楊鶴於獄，起用洪承疇為總督，專一主剿。而起義軍勢日熾，橫掃山西各州縣，一部分又向畿南、豫北挺進，洪承疇的圍剿遭慘敗。六年，代王嘉胤為盟主的王自用因勞成疾卒，高迎祥起而代之。同年冬，他率領張獻忠、馬守應(老回回)、惠登相及闖將李自成等衝破明軍包圍，渡過黃河，兵十餘萬，連破澠池、伊陽(今河南汝陽)、盧氏，乘勝分別進入豫西、陝南、四川、湖廣。八年，高迎祥率軍由河南進入南直隸，攻佔明中都鳳陽，燒燬明朝皇帝的祖陵明皇陵。不久，高迎祥、李自成率兵經河南入陝西，張獻忠則繼續南進，破廬州(今安徽合肥)，下麻城。在崇禎八、九年間，這兩支農民軍的主力部隊，勢如急風驟雨，縱橫南北，聯絡其他起義軍，時分時合，兵鋒所至，明軍多望風逃竄，迫使洪承疇等從進攻轉為分區防守。九年七月，高迎祥在今陝西周至遭明將孫傳庭的伏擊，不幸被俘，在北京就義。他的犧牲，給農民軍帶來極大損失。次年，明兵部尚書楊嗣昌制定四正六隅十面網之策，以陝西、河南、湖北、江西為四正，延綏、山西、山東、江南、江西、四川為六隅，對農民軍反撲。又命熊文燦總理南京、河南、山西、陝、川、湖北軍務，專事招撫以解散農民軍。在明軍的剿撫二策之下，一部分農民軍如闖塌天劉國能甘心投降；一部分則宣稱接受招撫，但不交出軍隊，如張獻忠和羅汝才；有的則隱蔽起來，休養生息，待機再起，如李自成。
　　十二、十三年，山東、河南、河北等地連續發生旱災、蝗災，赤地千里，逃亡載道。王公和地主豪紳對農民的剝削更加沉重，明朝政府又於遼餉外先後加派剿餉和練餉。黃河南北的饑民不少已揭竿而起，其他各地也都蘊藏著一觸即發的革命烈火。十二年五月，張獻忠在谷城再度起義。他聯合駐軍房縣的羅汝才，西向四川，粉碎楊嗣昌四正六隅十面網的圍剿計劃。同年，李自成也由湖廣房縣、陝西商雒(今商縣、商南)等地區進入河南，眾至數萬人。十二月，連破魯山、郟縣、宜陽三縣，並進攻永寧(今河南洛寧)，隊伍不斷擴大，此後，起義軍又連克偃師、靈寶(今河南靈寶北)、新安、寶豐，為攻佔洛陽做好了準備。十四年正月，農民軍攻佔洛陽，福王朱常洵被捉獲，李自成殺之，宣佈沒收王府金銀和糧食，賑濟饑民。農民軍攻佔洛陽，使明朝朝野上下一片驚惶，極大地鼓舞了農民軍的鬥志。此後，農民軍三次包圍開封，在項城(今河南項城南)、南陽、襄城、朱仙鎮(今河南開封西南)、汝寧(今河南汝南)等幾次戰役中，先後戰敗傅宗龍、汪喬年、丁啟浚、左良玉等統率的明軍，佔領河南絕大部分地區，並連下湖北承天(今鍾祥)及荊、襄各州縣。十六年，李自成被推舉為順天倡義大元帥，改襄陽為襄京，稱新順王，設官職，整頓軍事組織，正式建立農民革命政權。十月，農民軍從襄陽向豫西進軍，在河南汝州(今臨汝)殲滅了以剽悍著稱的孫傳庭的部隊，擊斃孫傳庭。乘勝破潼關，直入西安，此後迅速佔領全陝，並以偏師攻入慶陽、蘭州、西寧和寧夏。
　　崇禎十七年正月，李自成在西安建號大順，改元永昌。二月，農民軍以摧枯拉朽之勢，經河南入山西，從太原分兵兩路，直搗北京。沿途農民扶老攜幼，歡迎起義軍。三月十六日，李自成率農民軍從柳溝(今北京延慶居庸關東)入昌平，焚燒定陵享殿，居庸關守將唐通投降。次日，農民軍擊潰明朝三大營的軍隊。十八日，李自成駐沙河，農民軍進佔外城。十九日晨，明思宗朱由檢走投無路，縊死於煤山(今北京景山)，農民軍主力入內城，明朝的封建統治被推翻。農民軍佔領北京後，為了鞏固農民政權，李自成頒行了一系列重大政治措施；加強軍紀；完善職官制度，在京設置內閣，吏、戶、禮、兵、刑、工六政府和比餉鎮撫司，任命官職，鑄造印契；委派節度使、防禦使、府尹、州牧、縣令等地方官；開科取士，延攬英才。當李自成從河南、湖北入陝西並長驅直迫北京之時，張獻忠領導的農民軍也正在勝利進軍，有力地牽制了明軍。崇禎十六年五月，張獻忠軍攻佔武昌。他在武昌建官制，稱大西王。後又放棄武昌，席捲湘、贛，殺官吏，誅豪紳，受到廣大農民的歡迎。十七年，張獻忠率軍再度入川，同年六月攻佔重慶，殺瑞王。八月攻克成都，蜀王自殺。張獻忠在成都正式建立大西農民政權，設內閣、六都，立都督府以統率全軍，還派人聯絡四川西部羌各少數民族土司，穩固了在四川的統治。
　　李自成起義軍佔領北京後，駐防山海關的明總兵吳三桂先受招撫，繼而起兵反叛，並向清軍求援。永昌元年(1644)四月，李自成親率大軍東征吳三桂，但因受吳三桂與清軍夾擊而失敗，退回北京，尋又放棄北京南下，經晉入陝。在清軍進逼下，自陝西經河南退至湖北。九月李自成在九宮山受地主鄉團襲擊而犧牲，起義軍失敗，餘部由劉宗敏、李過率領，退至西南，聯合南明，抗擊清軍。清軍佔領黃河流域各省後，分兵南下。順治二年(1645)入川招降張獻忠，被拒絕。次年，清軍自劍閣入川，獻忠率軍迎擊。但因敵兵猝至，被清兵射死，起義軍大敗，餘部由孫可望、李定國率領，會合李自成餘部，聯南明抗清軍，最後於清康熙元年(1662)失敗。
　　明末農民起義提出了「貴賤均田」的綱領並付諸實施，標誌著中國封建社會的農民戰爭已經進入一個新階段。起義還進一步推動了福建、江西、浙江、廣東、湖廣和南直隸等地區佃農抗租鬥爭和奴婢索契鬥爭，使農民對地主階級的人身依附關係又有了一定的鬆弛。