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　　325年尼西亞公會議以後，以君士坦丁堡為中心的東方正教和以羅馬為中心的西派教會間，因政治、經濟、文化上的差異,矛盾逐漸尖銳。330年君士坦丁一世遷都君士坦丁堡後，兩派在誰居教會首席地位的問題上，爭鬥愈烈。以後歷經6~8世紀的「和子句糾紛」和9世紀的佛提烏分裂,以及11世紀東西教會對意大利南部教會控制權的爭奪，1054年終於釀成東西教會大分裂。
　　東方正教自9世紀起,已逐漸向保加利亞、基輔羅斯等國發展。1054年後，拜占庭國勢日益衰落，羅馬教會繼續謀求居整個基督教世界首席的地位。1096年教皇烏爾班二世組織十字軍東征。1204年，第四次十字軍攻佔君士坦丁堡。1206年，東正教普世牧首區被迫遷往尼西亞。1261年，拜占庭皇帝彌迦勒八世帕利俄羅戈斯收復首都，牧首區遷回君士坦丁堡。
　　12世紀後，拜占庭帝國外憂內患頻仍。東方正教原有的四大主教區已有兩個(安提阿和亞歷山大)為穆斯林佔領，另一主教區耶路撒冷則為十字軍建立的拉丁王國所佔。15世紀30年代，奧斯曼土耳其帝國對拜占庭發動進攻，君士坦丁堡向西方求救，教皇尤金四世乘機於1438年召開佛羅倫薩公會議，旨在使東方教會屈服，確立教皇在基督教內的首腦地位。君士坦丁堡普世牧首約瑟二世率領東正教會代表700人參加。會議就煉獄、和子句等教義問題展開爭論。由於東正教會讓步,次年7月會議簽署通過東西教會合一決議，確認教皇為「基督在世代表」，具有全權地位。史稱佛羅倫薩合一。後因東方正教內反對派的抵制，迫使參加會議的東派代表聲明簽字無效，合一終於沒有成功。
　　1453年拜占庭帝國滅亡，君士坦丁堡成為奧斯曼土耳其帝國的首都。蘇丹出於政治考慮，對東正教會採取寬容政策，承認君士坦丁堡普世牧首為被征服的東正教徒總管，其監管範圍包括東正教會四大牧首區。奧斯曼土耳其帝國以伊斯蘭教為國教，君士坦丁堡牧首雖自稱具有普世性，實際上處於被征服地位。16世紀以後，一些國家、地區和民族的正教會先後成立自主教會。君士坦丁堡正教會在督管區基礎上成立。1589年，俄羅斯正教會取得自主地位，建立牧首區。以後，使用俄羅斯正教禮儀的教會，常通稱俄羅斯正教。
　　正教派並沒有經歷宗教改革，而且基督新教派教會對正教派的態度從開始就一直不明確。兩邊開始時維持著一種熱忱和友善的關係，但是基本的教條神學歧見仍是突顯了出來，尤其是關於神聖傳統，聖靈/聖神由父子分出、自由意志、神聖預定、稱義(釋罪)、聖禮/聖事的數目、洗禮(正教派的「全部浸在水裡」相對於馬丁·路德的「用撒或是淋水」)以及是否要如同東正教教堂正教派的「在洗禮後馬上施行聖油禮和聖餐禮/聖體聖事」，聖餐禮變動的意義以及使用未發酵的麵包，教會和大公會議的無錯誤，崇敬，盛宴，對聖者、聖者塑像和遺物的祈禱，齋戒和其他教會的傳統。由於這些歧見，最終導致兩者停止來往。
　　東正教自主教會與牧首區在拜占庭帝國時期，東正教是帝國國教，它在很大程度上依附於世俗政權，大主教的任免，主教會議的召開，對教義的解釋，均由皇帝控制掌握。日常領導則由牧首負責。早期主要牧首區有4個，即君士坦丁堡、亞力山大裡亞、安提阿和耶路撒冷。15世紀拜占庭帝國滅亡後，各國家、地區和民族先後成立自主教會。16世紀末，莫斯科都主教脫離君士坦丁堡自立，建立牧首區，形成使用斯拉夫語的俄羅斯正教會，東歐各國正教亦陸續宣佈自主。各自主教會在法規和行政方面有獨立自主權，並可自選大主教，但彼此之間在信仰和聖事上是共同的。東正教自主教會有15個，即君士坦丁堡正教會、亞歷山大正教會、安提阿正教會、耶路撒冷正教會、俄羅斯正教會、格魯吉亞正教會、塞爾維亞正教會、保加利亞正教會、羅馬尼亞正教會、塞浦路斯正教會、希臘正教會、阿爾巴尼亞正教會、波蘭正教會、捷克斯洛伐克正教會、美國正教會，另外在日本和芬蘭也有自治教會。20世紀60年代，東正教各教會曾聯合召開了幾次世界性會議，討論使其教義、禮儀符合時代要求，與羅馬天主教平等對話以及參加「普世教會運動」等問題。