康熙、雍正、乾隆皇帝與六世、七世達賴
西元1682年(康熙二十一年)，五世達賴喇嘛圓寂。掌握西藏政教大權的第司桑結嘉措，為了鞏固個人的地位和權勢，竟然隱匿達賴逝世之情，對朝廷秘不報喪，而且凡事仍然假借五世達賴的名義進行。西元1685年，桑結嘉措選定出生於門巴族地區的一個幼童，立為六世達賴喇嘛倉央嘉措。六世達賴厭倦佛教首領的生活，追求民間世俗的生活樂趣，故有“風流達賴”之俗稱。
第司桑結嘉措暗中勾結反叛清朝的準噶爾蒙古部，企圖借助其力與和碩特蒙古部固始汗後代的在藏勢力作鬥爭。西元1696年，康熙皇帝得知五世達賴已經逝世多年，桑結嘉措匿喪不報，獨攬大權，並與準噶爾部串通等情，遂嚴厲責問桑結嘉措，甚至擬興問罪之師。經桑結嘉措誠惶誠恐地奏明原委，康熙皇帝未予深究，並准許六世達賴倉央嘉措於西元1697年正式轉世坐床。
西元1705年(康熙四十四年)，固始汗的後代拉藏汗擒殺桑結嘉措後，立即向康熙皇帝報告經過，並稱倉央嘉措平素經常化裝俗人出遊，酗酒好色，不守佛門清規戒律，是第司桑結嘉措所立的“假達賴喇嘛”。康熙皇帝早已憤于桑結嘉措匿喪不報、勾結準噶爾部等情，此時遂即加封拉藏汗為“翊法恭順汗”，賜予金印，同時下令將倉央嘉措解送北京處置。夏格巴的《藏區政治史》中也寫到“皇帝決定把六世達賴免職”。西元1706年，六世達賴在被清朝官兵解送北京的途中死去。
由此完全可以看出康熙皇帝對六世達賴喇嘛有著至高無上的統轄權威。
第司桑結嘉措被殺後，準噶爾部於西元1717年突然進入藏北接著又攻佔拉薩，殺掉拉藏汗，另立為其效勞的達孜巴為第司。準噶爾軍佔領西藏後，到處燒殺搶掠，衛藏各地大寺廟的金銀被其搜搶一空；其劇烈騷擾地方之種種惡行，引起西藏人民痛恨，紛紛要求朝廷驅逐準噶爾軍。為此，清廷於西元1718年、1720年兩次派大軍入藏，在西藏區內以康濟鼐和頗羅鼐為首的反對準噶爾軍勢力的配合下，經過多次作戰，終將準噶爾軍勢力驅逐出藏。同時，清朝應西藏廣大僧俗人民的要求，派軍隊將已由格魯派寺院集團認定之年僅12歲的六世達賴轉世靈童從青海塔爾寺護送到拉薩。清軍護送靈童入藏途中，藏族人民踴躍歡欣，男女老幼，繈負來迎，群擁環繞，鼓奏各種樂器，呈現出十分熱烈的歡迎情景。清軍到達拉薩以後，西藏地方政府在布達拉宮為靈童舉行了坐床典禮。清廷賜予金印(夏格巴的書中承認了此事)，敕封其為“弘法覺眾”達賴喇嘛。這就是七世達賴喇嘛格桑嘉措。西元1721年(康熙六十年)，清朝決定廢除在西藏地方政府中總攬大權的第司職位，改設四名噶倫，共同主管政務，並以康濟鼐為首席噶倫。是為西藏噶倫制度之始，標誌著清廷對以達賴喇嘛為代表的格魯教派政教合一體制的扶植和對藏直接管理的加強。以和碩特部為正宗、包括準噶爾等蒙古部在藏七十多年的統治，至此亦告結束。
康熙皇帝賜給七世達賴喇嘛的刻有藏、漢、滿三種文字的金印，是保存至今的清廷頒賜各世達賴喇嘛印信中最重要的一顆，藏胞稱之為大金印璽，視為至寶。
西元1722年，康熙皇帝逝世，雍正皇帝即位。西元1727年(雍正五年)，清廷決定在拉薩設駐藏辦事大臣二人，開始向西藏派遣常駐官員。
西元1727年，在西藏上層統治集團發生的內訌中，噶倫阿爾布巴、隆布鼐、劄爾鼐三人聯合反對首席噶倫康濟鼐和頗羅鼐。當時頗羅鼐在後藏，康濟鼐被阿爾布巴等殺害。阿爾布巴等人又派前藏軍隊去後藏，圖謀殺掉頗羅鼐。前藏軍隊與頗羅鼐領導的後藏軍隊開戰，西藏局勢再度出現混亂。雍正皇帝接到西藏戰亂情況的報告後，先是派員赴藏“撫綏人民，以安番眾”；接著又於西元1728年派大軍從青、川、滇三路入藏。大軍未抵拉薩前，頗羅鼐已率後藏、阿裏之軍於西元1728年7月攻入拉薩，軟禁了阿爾布巴、隆布鼐、劄爾鼐等三噶倫，等待朝廷處理。大軍到達拉薩後，經過審理，弄清事實，將阿爾布巴等三噶倫處死。事後，清廷封平息叛亂有功之頗羅鼐為貝子，委以總管西藏地方政務之責，後又晉升其為貝勒、郡王(清代宗室封爵第三級)，並授予總管衛藏政務之郡王印信。從此，開始了頗羅鼐治藏的二十年和平、穩定、繁榮時期。
在平定阿爾布巴之亂後的同時，清廷在治理藏事方面作出了兩項重大決定。一是鑒於西藏上層統治集團中屢次有人企圖聯絡新疆準噶爾蒙古部進行叛亂，就下令將接近漢區的巴塘、理塘、康定等藏區劃歸四川管轄，中甸、維西、德欽等藏區劃歸雲南管轄(以上在元代即屬“吐蕃等路宣慰使司”地域，不屬烏思藏)，將後藏的拉孜、昂仁、彭措林三宗劃歸班禪額爾德尼管轄，這樣，就縮小了甘丹頗章的統轄地域。加之西元1724年清軍平息青海和碩特蒙古族羅布藏丹津部的叛亂後，將原歸和碩特蒙古部管轄的青海藏區(元代即為“吐蕃等處宣慰使司”地域，也不屬烏思藏)收歸清廷直接管轄，至此明確了西藏地方政府管轄的藏區範圍(大體即為現今西藏自治區，班禪轄區除外)。二是鑒於準噶爾蒙古部藉口阿爾布巴事件又在新疆一帶掀起反清叛亂，揚言要第二次進兵西藏，為了防止準噶爾部劫走年輕的七世達賴，加強對七世達賴的保護，以維繫清廷利用這一格魯派領袖的影響來鞏固其對蒙、藏地區的統治，故決定將七世達賴從拉薩移駐比較安全的康區理塘。
遵照雍正皇帝的旨意，七世達賴喇嘛離拉薩東行，於1729年2月到達理塘駐錫。一年後，達賴又遵旨移駐泰甯惠遠寺，達六年之久。
經過清廷對準噶爾部的幾度用兵，準噶爾部於西元1735年遣員向清廷乞和，並議定了喀爾喀蒙古與準噶爾部之間的牧界。至此，準噶爾部對西藏地區的威脅消除。雍正皇帝遂于當年4月派官兵500餘名護送七世達賴從泰寧西返拉薩，7月回到布達拉宮。
西元1735年8月，雍正帝逝，子弘曆即帝位，是為高宗乾隆。
七世達賴從康區返藏，受到僧俗各界的熱忱歡迎，他在宗教上的重要影響更加擴大。而施政有方、使得西藏繁榮安定的頗羅鼐郡王，在藏胞中也有很高的威望，並且獨攬著政務大權。這兩人之間逐漸產生了一些矛盾。到西元1746年(乾隆十一年)，發生了部分僧俗官吏依靠七世達賴反對頗羅鼐專權之事，頗羅鼐欲追究根底，引起七世達賴不滿。乾隆皇帝高度重視此事，隨即降旨稱：“朕聞達賴喇嘛、郡王頗羅鼐伊二人素不相合。但伊二人皆系彼處大人，原不可軒輊異視。”“務期地方寧謐，使頗羅鼐等不致滋事。”“爾二人同心協力，以安地方。朕視爾二人，俱屬一體，從無畸重畸輕之見。若爾二人稍有不合，以致地方不寧，甚負朕信任期望之恩。”由於乾隆皇帝降旨調解，頗羅鼐也就遵旨與七世達賴喇嘛和解，以後再未出事。
頗羅鼐非常尊崇皇帝。他呈皇帝的奏文中，抬頭均用“我主大皇帝”、“天授大主”、“東方大主”等字樣，一看便知他是一位忠於清帝的屬臣。
西元1747年(乾隆十二年)，頗羅鼐逝世，其次子珠墨那傑(即珠爾默特那木紮勒)襲郡王爵，藏史書中均稱其為珠墨那傑王。從這一名稱上，也可知其十分重視清朝所封的王號。由於珠墨那傑專權獨斷，強悍暴戾，造成同七世達賴喇嘛不睦，同駐藏大臣關係緊張，矛盾日益發展，到西元1750年(乾隆十五年)發生了駐藏大臣傅清、拉布敦二人誘殺珠墨那傑、二大臣又被珠墨那傑餘黨殺害的事件，拉薩再次出現騷亂。對此，七世達賴喇嘛採取果斷有力的措施，迅速平息了珠墨那傑餘黨的騷亂，控制了西藏局勢。
珠墨那傑事件後，清廷認為西藏世俗貴族專權和相互間的爭鬥是動亂頻仍的根由，因而決心集西藏地方之政教大權于達賴喇嘛一身，同時加強駐藏大臣的權力，其下屬之噶倫則集體負責、相互制約。西元1751年，乾隆皇帝批准了四川總督策楞擬訂之“西藏善後章程”十三條，對西藏地方原有的行政體制作了重大調整：廢除郡王制度，正式授命七世達賴喇嘛執政，並建立噶廈(西藏地方政府)，設噶倫四人，其中僧官一人，俗官三人，受達賴喇嘛和駐藏大臣直接領導。噶倫集體辦公，處理政務；凡遇重大事項，務須遵旨請示達賴喇嘛和駐藏大臣酌定辦理，重要公文需要鈐用達賴喇嘛的印信和駐藏大臣的關防。噶倫等重要官員，均需經清朝任命，頒發敕書。自此，正式確立了由格魯教派統治西藏的“政教合一”制度。
乾隆皇帝批准“西藏善後章程”十三條等情況說明：達賴過去在藏僅具有最高宗教地位，只是“領天下釋教”，並無最高政治地位；這次變成既有最高宗教地位又有最高政治地位的西藏地方統治者，完全是由皇帝用立法形式決定的。
1720年，康熙皇帝曾將一塊皇帝萬歲牌賜給七世達賴喇嘛，其上以藏漢、滿蒙文書就“當今皇帝萬歲萬萬歲”字樣。為了報答康熙皇帝之恩，七世達賴喇嘛特在布達拉宮頂層的殊勝三地殿正中莊嚴地供立了這一萬歲牌。後來清廷送來的乾隆皇帝畫像又掛在該牌的後牆上。每年藏曆正月初一，七世達賴都率僧俗官員向此牌此像叩拜。其後的曆世達賴均保持了這一禮儀。此牌妥善保存至今。
七世達賴親政六年，到1757年(乾隆二十二年)圓寂，享年50歲。
七世達賴喇嘛一生歷經康熙、雍正、乾隆三朝，同皇帝之間除了檀越關係外，更為重要和明顯的還是政治上的上下主屬關係。這從康熙皇帝決定送其入藏坐床、敕封賜印，到雍正皇帝決定送其暫駐康區、再度返藏，到乾隆皇帝調解了他與頗羅鼐之間的矛盾，最後授權由他親政、與駐藏大臣共同領導噶廈等一系列重大舉措中，都可看出七世達賴喇嘛無處不是稟承皇帝的旨意行事，七世達賴喇嘛的政教地位和業績，也都是在皇帝直接關懷、支持下獲得的。所以，七世達賴喇嘛在泰甯惠遠寺時深情地說：“自幼荷蒙聖祖皇帝洪慈，差遣將軍統兵送至藏內，安坐達賴喇嘛之床；複蒙皇上施恩，浩蕩無際。”“今恭聞訓旨，複受隆恩，惟有竭力衍教，敬祝聖躬萬年遐福。”再度返回西藏後，七世達賴喇嘛又在講法時說：“我雖未獲教證之功德，卻極受歷代文殊大皇帝洪恩之庇護，賜於要闡弘黃教和福佑西藏十三萬戶眾生之千斤諭旨，我將祈禱三寶，竭做利樂佛教眾生之事。”因為感激皇恩，凡是皇帝提出的佛事要求，七世達賴喇嘛都盡心盡力去做。如1744年乾隆皇帝建噶丹欽恰林寺(今雍和宮)，七世達賴喇嘛即遵旨從西藏選派高僧四人赴京任該寺四大紮倉的堪布。
所以，在康熙、雍正、乾隆皇帝和六世、七世達賴喇嘛時代，清朝皇帝與頗羅鼐、七世達賴喇嘛等西藏首領人物的關係日益親密，朝廷軍隊同西藏地方軍隊共同戰勝準噶爾蒙古部對西藏的襲擾，朝廷中央政權對西藏地方的統治更為加強，施政的體制和方法漸趨法制化。
