五胡十六國上承東晉下接隋朝
南北朝(420~589)是中國歷史上的一段分裂時期，由公元420年劉裕篡東晉建立南朝宋開始，至公元589年隋滅南朝陳為止。該時期上承東晉、五胡十六國，下接隋朝，南北兩勢雖然各有朝代更迭，但長期維持對峙，所以稱為南北朝。南朝(公元420年—公元589年)包含宋、齊、梁、陳四朝；北朝(公元439年—公元589年)則包含北魏、東魏、西魏、北齊和北週五朝。
南朝各國皇族主要是漢族或次級世族，因為在東晉末期之後，軍職大多由漢族或次級世族等擔任。由於執政者的努力，出現元嘉之治與永明之治等治世，使得國力富盛。皇帝受獲聲譽深重的主流世族擁護，然而世族只想保有本身政治地位，並非全然支持皇室，皇帝也扶持寒門擔任軍職或次要官職以平衡政治勢力。由於皇室內部也因為爭奪皇位的鬥爭，時常發生宗室血腥事件。由於戰略運用錯誤與北朝的興起，使得南弱北強，疆域漸漸南移。到南朝梁時為梁武帝改善，和北魏六鎮之亂，使南朝國力逐漸追上北朝。但在他晚年時，過度崇信佛教，國家離心力漸強，導致了很多原南朝權貴軍閥跟隨歸順南梁的侯景發動侯景之亂，使南朝實力大減並四分五裂。獨霸政局的僑姓世族也完全崩潰，由南方土著豪族取代。最後到南朝陳的陳文帝方完全統一南朝，但南朝陳國力已衰，只能依長江抵禦北朝。
北朝承繼五胡十六國，為胡漢融合的新興朝代。北魏深受五胡文化影響，皇室多為鮮卑族。朝中的漢族官員，多與胡人通婚，帶有胡人血統。而鮮卑皇室也逐漸受到漢文化的薰陶，其中以北魏孝文帝的漢化運動最盛。由於北方的柔然牽制北魏，使得北魏難以用全力攻入南朝，直到較親北朝的突厥取代柔然後才較安定。北魏後期政治逐漸敗壞，六鎮民變後國力大衰。最後分裂成東魏及西魏，並分別由北齊及北周取代。北齊的核心主要為六鎮流民及關東世族，其軍力比較強盛。由於其源頭六鎮流民偏向鮮卑化，使得北齊主要提倡鮮卑文化。北周在立國時鮮卑軍不如北齊多，政治地位也不如北齊及南朝梁，所以建立關中本位政策，融合鮮卑及漢文化以消除胡漢隔閡。最後北周形成團結的關隴胡漢集團，得以攻滅因政治混亂而衰退的北齊，而漢族也逐漸成為北周軍隊的主力之一。周武帝去世後，漢人楊堅依靠外戚身份掌握朝廷，並在篡奪北周建立隋朝之後，發兵南征滅南朝陳，統一了中國。
南朝政區承襲東晉，實行州郡縣三級制。而僑州郡縣及雙頭州郡也因為土斷而變成一般州郡。自東漢末期實施的州郡縣三級制，到隋平南朝陳後改為州縣二級制而結束。南朝的州設刺史，郡設太守，只有丹陽郡因為是首都所在地而設尹。縣設令、長。自宋以後，令多於長。與郡同級的有王國和公國，設內史和相。還有特為習稱蠻民及僚族、俚族等少數民族設置左郡、左縣和僚郡、俚郡。例如有南陳左郡、東宕渠僚郡等。當時州郡縣有等級之分，大致上以距離首都遠近為品級高低之分，諸州佐吏則按州的等級設置官員。揚、荊二州還有「二陝」之稱呼。
南朝疆域方面，南朝宋繼承東晉疆域，基本上為二十二州上下。河南地於太初四年(422年)之後逐漸被北魏併吞，改以淮水為界。南朝齊基本上同南朝宋為為二十二州上下，可是相繼失去雍州沔北及淮南豫州之地。南朝梁時州郡設置和疆域變化很大，因北伐獲得淮北之地，一度達河南地。又開拓閩、越、平俚洞，破牂柯。到539年共有大小不一的一百零七個州。侯景之亂後，北齊佔領江北淮南之地，西魏佔領漢中巴蜀。西魏又受蕭察之托，率軍奪下南朝梁江陵以北之地，建立附庸國西梁。南朝陳成立後國土不多，至569年開始陸續收復淮南及部份淮北之地，並且一度奪下北周長江以北之地(573年—577年)。到陳末時受北周入侵使得國土減少，僅剩長江以南至交廣地區。
北朝政區承襲西晉與十六國，如同南朝一樣為州郡縣三級制。然而州轄區不大，州刺史可越郡級直接管理縣，使得郡級逐漸虛級化，到583年隋朝正式定為州縣兩級制。北魏也設有僑州郡縣和雙頭州郡(如南雍州)，並將州郡縣按人口數分等級。為了防範新附或異姓叛變，於406年將各級行政長官分立三位，其中州刺史方面須一位為宗室。北魏原設有負責地方軍政的行台及管理數州軍事的都督。到北齊定為行台制，北周則為總管制，都是負責數個州郡軍事與行政的政區單位。北齊因為州轄區越分越細，於是設置行台兼管數州民政及軍事。西魏則改稱都督為總管，性質同北齊行台。北周時，總管一般兼任駐州刺史，並以所駐之州為名。北魏還特為鮮卑本族或其他民族(漢人除外)設置領民酋長來管理該族，地位只次於州刺史。又延續十六國政區，設有管理州境內其他民族的護軍。其地位等同郡守，至457年廢除。還有鎮戍制，於重要的軍事要地設鎮。鎮由鎮將管理，下置戍，由戍主管理。其中又以鞏固首都平城的六鎮最重要，至孝文帝遷都後勢微。六鎮民變後，北朝的鎮戍專管軍事，不再具政區性質。
北朝疆域方面，北魏自代北之地(今山西省北部)崛起，至439年統一華北而結束十六國時期。其屢次入侵南朝宋，佔領山東、河南與淮北地。又取南朝齊淮南地及南朝梁漢中、劍閣一帶。至此疆域北至漠南草原，西抵西域東部，東達遼西，南達江漢流域。在擴充領土期間，州郡多因時制宜，到487年開始整頓。到北魏孝明帝之後領土減少，州郡濫置。魏分東西後東魏有八十州，西魏有三十三州。北齊建立後，開始整頓政區規劃，廢除三州、一百五十三郡及五百八十九縣。北齊江淮之地後被南朝陳佔領。西魏屢次攻佔南朝梁巴蜀之地與江漢之地。北周武帝滅北齊，取南朝陳江淮之地，領土大大擴充。到隋高祖開皇八年(588年)11月時南征南朝陳，開皇九年(589年)3月底統一南北。
在南北朝時期，朝代常因為軍權流入權臣手中而更替。南朝的軍事制度大至延續兩晉兵制，然而世兵制衰落，所以以募兵制為主。北朝在軍事制度方面，在北魏初期採行兵民合一的部族兵制，統一華北後逐漸成為世兵制。北朝後期出現府兵制，成為隋唐兵制的基礎。
南朝兵種以步兵和水軍為主，騎兵較少。兵源原本來自世兵制。但是因為戰爭的消耗、士兵的逃亡和被私家分割，部分兵戶變為民戶，兵源趨於枯竭，於是改以募兵制為主。南朝軍隊區分為中軍(亦稱台軍)及外軍。中軍直屬中央，平時駐守京城，有事出征。在南朝宋時，宋武帝劉裕加強皇宮兵力，以圖扭轉東晉以來外強內弱的局面。然而，由於宗室自相殘殺而失敗，歷朝屢次有篡位之事發生。外軍則歸各地都督管制。都督多兼刺史，而且常與中央抗衡。
北朝方面，北魏軍隊在初期以鮮卑騎兵為主力，其補給是由各部自行掠取。在統一華北過程中，漢族逐漸加入軍隊。當攻城戰增加後變為步、騎兵混合。之後步兵成為主力兵種。北魏統一華北後，軍隊分為中軍、鎮戍兵和州郡兵。中軍在平時守衛京城，有事則成為對外作戰的主力。鎮戍兵是為保衛邊防而設置的。鎮相當於州、戍相當於郡。初時僅設於北部邊境，後來擴展到南部邊境。州郡兵，是維持諸州治安的軍隊，有時也充作鎮戍兵或是隨軍出征。北魏後期也逐漸形成固定的兵戶。
東魏和北齊的軍隊主要由六鎮鎮民和洛陽的鮮卑兵所組成，在北齊時又編成「百保鮮卑」。另外，也選漢族勇士來防備邊界。西魏和北周受到鮮卑族傳統和漢文化的影響，於550年創立府兵制。該制度將遷至關中的六鎮軍民編成六軍，並設立八位柱國大將軍。西魏權臣宇文泰為最高統帥，西魏廣陵王元欣無實權，其他六個柱國則分領府兵，各督署2大將軍。北周時又擴增柱國人數，並將兵權集中在皇帝手中。府兵雖為主力，但仍有守衛京師的中軍、地方的鎮戍兵及州郡兵等其他軍隊。而且由於世家豪族勢力強大，大都擁有實力不弱的私兵。府兵制的特色為平時為民，戰時為兵，達到兵農合一的目標。後為隋唐兵制採用，並影響之後的歷代兵制。
