大明王朝
明朝(1368.1.23~1644.4.25)，是中國歷史上最後一個由漢族建立的中原王朝，歷經12世、16位皇帝，國祚276年。明朝初期，太祖朱元璋定都於應天府(今南京市)，其轄區稱為京師。1421年明成祖朱棣遷都至順天府(今北京市)，北平布政司升為京師，原京師改稱南京。
公元1368年，時為韓宋吳王的朱元璋在統一陳友諒、張士誠和方國珍等群雄勢力後，於當年農曆正月初四日在應天府登基，國號大明。由於明朝皇帝姓朱，因此又稱朱明。
明朝前期，經歷過太祖朱元璋的洪武之治，明初的經濟也迅速恢復，國力迅速成長，達到了歷史最好水平 。至成祖朱棣時期，國勢達到頂峰。成祖極力擴張領土，又派遣鄭和七下西洋，是為永樂盛世。其後的仁宗和宣宗時期仍然處於興盛時期，史稱仁宣之治。英宗和景泰帝時期，雖然經過土木堡之變，惟經過于謙等人抗敵，最終解除國家危機，但暴露出明朝的空前危機。憲宗和孝宗相繼與民休息，政局尚可平穩。武宗沉溺遊樂，最終使到孝宗一脈絕嗣。世宗即位後，引發大禮議之爭，清除宦官和權臣勢力，總攬朝綱。明世宗中後期，東南沿海任用胡宗憲和俞大猷等將領，平定倭患。世宗駕崩後十數年，經歷隆慶新政和萬曆中興，國力得到恢復。神宗中期，完成萬曆三大征，平定內亂，粉碎豐臣秀吉攻佔朝鮮的計劃。然而因為國本之爭，皇帝逐漸疏於朝政，同時東林黨爭也帶來了明朝末期的政治混亂，史稱萬曆怠政。熹宗時期，魏忠賢閹黨禍亂朝綱，至崇禎帝即位後才廢除宦官專政。然而崇禎帝政策失誤和天災不斷，明朝最終被農民軍李自成所建立的大順所滅。1644年，崇禎帝自縊於北京煤山，至此明朝享國祚276年。隨後，滿清軍隊擊敗大順軍，入主中原。後繼南明與明鄭政權延續數十年，直至1683年清朝佔領臺灣方止。
明朝的領土囊括今日內地十八省之範圍，初年東北抵日本海、外興安嶺及黑龍江流域諸部落有宗主權，後縮為遼河流域；初年北達戈壁沙漠一帶，後改為今長城；西北至新疆哈密，後改為嘉峪關；曾經在今中國東北、新疆東部及西藏等地設有羈縻機構。不過，國際上對明朝是否實際統治了西藏存在較大的爭議。明成祖時期，甚至短暫征服及統治安南(今越南北部)，1415年，明朝領土面積達到最大，若包括西藏，其面積約為1,000萬平方公里。根據《明實錄》所載，明朝最高人口為7,000餘萬，惟許多學者估算實際上逾億。
明朝是繼漢唐盛世後又一個興盛的中原王朝，亦曾經為手工業及經濟最繁榮的國家之一 。在清朝官修史書《明史》中，認為洪武和永樂在位時期「治隆唐宋」、「遠邁漢唐」。明朝時期，無漢唐之和親，無兩宋之歲幣，天子御國門，君主死社稷。然而由於皇權過度集中，因此經常發生皇帝不理政事，或是由宦官行使大權的陋習。
明朝的正式國號為「大明」，是元朝以來中國歷史上第二個把「大」字加於正式國號之中的大一統王朝。明朝之號承襲自小明王韓林兒之號。朱元璋手下有一部分明教徒，以「大明」為國號以表示自己的正統地位，亦同時應和明教中的「明王出世」預言。其次，以明喻火，根據五德終始說，表示明朝取代元朝，是以火剋金。又，明之得號出於明教。明教也叫做「摩尼教」，吸收了佛教、祆教、基督教的教義因素，它的經典有《二際三宗經》，宣傳的是黑暗要被光明戰勝，最後眾生脫離苦海。明教在唐朝武則天延載年間，傳到中國，但是一直神神秘秘，因為明教宣傳的是「彌勒降生，明王下世」。一些反抗朝廷的人經常藉助於明教來號召群眾，為了保護自己，明教就跟佛教拉上關係，和佛教的白蓮宗拉上關係，最後就形成了白蓮社。所以從唐朝、宋朝、元朝明教是時而浮出，時而潛入地下，但是常常用作反抗朝廷的武器 。
元朝末期，官員貪污，蒙古貴族靡爛，朝政腐敗。為消除赤字，元廷加重賦稅，並且大量濫印新鈔「至正寶鈔」，隨之產生的通貨膨脹加上荒災、黃河氾濫等天災使得民不聊生。1351年元順帝派賈魯治理黃河，徵調各地百姓二十萬人。同年五月，白蓮教韓山童與劉福通煽動飽受天災與督工苛待的百姓叛元起事。他自稱明王，建立紅巾軍，據有河南與安徽等地。紅巾軍與各地義軍陸續起事，勢力擴張到華中、華南地區。隔年，紅巾軍的郭子興聚眾起義，攻佔濠州(今安徽鳳陽)。不久，貧苦農民出身的安徽鳳陽人朱元璋投奔郭子興，屢立戰功，得到郭子興的器重和信任，並娶郭子興養女為妻。之後，朱元璋離開濠州，發展自己的勢力。
1356年朱元璋率兵佔領集慶(今江蘇省南京市)，改名為應天府，並攻下周圍一些軍事要地，獲得一塊立足的基地。朱元璋採納謀士朱升「高築牆，廣積糧，緩稱王」的建議，經過幾年努力，其軍事和經濟實力迅速壯大。1360年，陳朱雙方在集慶西北的龍灣展開惡戰，陳友諒勢力遭到巨大打擊，逃至江州(今江西省九江市)。1363年，通過鄱陽湖水戰，陳友諒勢力基本被消滅。1367年朱元璋自稱吳王，率軍攻下平江(今江蘇省蘇州市)，滅張士誠，同年又消滅割據浙江沿海的方國珍。
1368年正月，朱元璋於南京稱帝，即明太祖，年號洪武，明朝成立。之後趁元朝內訌之際乘機北伐和西征，同年攻佔元大都(今北京)，元廷撤出中原，史稱北元。之後於1371年消滅位於四川的明玉珍勢力，於1381年消滅據守雲南的元朝梁王。最後，於1388年深入漠北進攻北元。天下至此初定。
由於幼年對於元末吏治痛苦記憶，明太祖即位後一方面減輕農民負擔，恢復社會的經濟生產，改革元朝留下的糟糕吏治，懲治貪污的官吏，社會經濟得到恢復和發展，史稱洪武之治。明太祖確立裡甲制，配合賦役黃冊戶籍登記簿冊和魚鱗圖冊的施行，落實賦稅勞役的徵收及地方治安的維持。
明太祖平定天下後，大封功臣。但是其性格多疑，對這些功臣有所猜忌，恐其居功枉法，圖謀不軌。而有的功臣也越過禮法，為非作歹。明太祖藉此興胡惟庸和藍玉案大獄，幾乎將功臣全部誅殺。廖永忠是最先被殺害的功臣，隨後朱亮祖、李文忠先後死於非命。丞相胡惟庸深得朱元璋寵信，他日益跋扈，朝中奏章大事須先經其手，若不利於其的奏章就予以隱匿，並且大肆收取賄賂。1380年明太祖以擅權枉法之罪名殺胡惟庸，又殺御史大夫陳寧、御史中丞塗節等人。1390年有人告發李善長與胡惟庸關係密切，李善長因此被賜死，家屬七十餘人被殺，總計株連者達三萬餘人，史稱胡惟庸案。此後，明太祖又借大將軍藍玉張狂跋扈之名對其誅殺，連坐被族誅的有一萬五千餘人，史稱藍玉案。加上空印案與郭桓案合稱明初四大案。此時除湯和與耿炳文外功臣幾乎全數被殺。明太祖通過打擊功臣、特務監視等一系列方式加強皇權，使明帝專製程度凌駕中國歷代各朝之上。
明太祖分封諸子為王，以加強邊防，藩屏皇室。諸王之中，以北方諸王勢力較強，又以秦王朱樉、晉王朱棡與燕王朱棣的勢力最大。為防止朝中奸臣不軌，明太祖規定諸王可移文中央捉拿奸臣，必要時得奉天子密詔，領兵「靖難」(意為「平定國難」)。同時為防止諸王尾大不掉，明太祖也允許今後的皇帝在必要時可下令「削藩」。
1398年明太祖駕崩，由於太子朱標早死，由皇太孫朱允炆即位，年號建文，即明惠宗(亦稱建文帝、明惠帝)。明惠宗為鞏固皇權，與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩。周王、代王、齊王、湘王等先後或被廢為庶人，或被殺。同時以邊防為名調離燕王的精兵，準備削除燕王。結果燕王朱棣在姚廣孝的建議下以「清君側，靖內難」的名義起兵，最後迂迴南下，佔領京師，是為靖難之變。朱棣即位，即明成祖，年號永樂。明惠宗在宮城大火中下落不明。
「靖難之役」期間有大量燕京以南，真定，南宮，河南，山東，等地區的平民被明成祖的軍隊大肆屠殺。燕京以南，真定，南宮在屠殺後成了無人區。除了上述河北以外，河南，山東，也有明成祖朱棣屠殺平民的記載。
繼洪武之治，明成祖、明仁宗與明宣宗相繼興起永樂盛世與仁宣之治，這是明朝的興盛時期之一。明成祖時期武功昌盛，明成祖先是出擊安南，將安南納入明朝版圖，設立交趾布政司。明成祖之後又親自五入漠北攻打北元分裂後的韃靼與瓦剌。明成祖冊封瓦剌三王，使與韃靼對立，等到瓦剌興盛後又助韃靼討伐瓦剌，不使任何一方獨大。同時，明成祖撤去大寧都司，將寧王朱權內遷南昌，授予兀良哈蒙古的朵顏、泰寧和福余三個衛所自治權，但不允許三衛蒙古人南遷到大寧地區駐牧。明成祖還於1406年和1422年對兀良哈蒙古進行鎮壓，以維持這一地區的穩定。明成祖為安撫東北女真各部，在歸附的海西女真(位於松花江上游)與建州女真(位於松花江、牡丹江之間)設置衛所，並派亦失哈安撫位於黑龍江下游的野人女真。1407年亦失哈在黑龍江下游東岸奴兒干地方(元朝征東元帥府舊地)設置奴兒干都司，擴大明朝東疆，亦失哈並於1413年視察庫頁島，宣示明朝對此地的宗主權。明成祖一改明太祖閉關自守的外交策略，自1405年開始派宦官鄭和下西洋，向各國交往、宣示威德以及建立朝貢體制，也有為圍堵西亞帖木兒帝國的說法。鄭和下西洋前後七次，前六次均在永樂年間由明成祖派遣，鄭和船隊足跡遍佈東南亞與南亞地區，還於滿剌加建有基地。其規模空前，最遠到達東非索馬利亞地區，擴大明朝對南洋、西洋各國的影響力。
文治方面，明成祖修大型類書《永樂大典》，在三年時間內即告完成。《永樂大典》有22877卷，其中凡例、目錄60卷，全書分裝為11095冊，引書達七八千種，字數約有三億七千多萬， 且未有任何刪節，《永樂大典》在編成後即被深鎖皇宮數百年，以至當時有多人認為《大典》已在戰火中被毀。根據記載，明朝年間僅有明孝宗和明世宗二帝閱《大典》。此外，明成祖並未將《永樂大典》複寫刊刻，且決定只製作一份抄本，並於1409年完成。1405年明成祖將北平改名北京，稱行在，並設立北平國子監等衙門。1409年，明成祖巡幸北京，在北京設立六部與都察院，並在北京為逝世的徐皇后設立陵寢，已經顯示遷都的跡象。經過十幾年的經營，北京初步得到繁榮。1416年明成祖公佈遷都的想法，得到認同，隔年開始大規模營造北京。1420年宣告完工，隔年遷都。因為永樂年間天下大治，並且大力開拓海外交流，所以有學者將這段時期稱為永樂盛世。但是明成祖同樣對異議者大肆殺戮，諸如黃子澄、齊泰等明惠宗舊臣等都被殺 。
明成祖駕崩後，其長子朱高熾即位，即明仁宗，年號洪熙。明仁宗年齡已經偏高，即位僅一年就駕崩。其統治偏向保守固本，任用「三楊」(楊士奇、楊榮、楊溥)等賢臣輔佐朝政，停止鄭和下西洋和對外戰爭以積蓄民力，鼓勵生產，寬行省獄，力行節儉。明仁宗駕崩後長子朱瞻基即位，是為明宣宗，年號宣德。他基本繼承父親的路線，實行德政治國，並且發起最後一次下西洋。明宣宗同樣熱愛美術，有畫作傳世。但是，其執政期間也並非毫無弊端。由於明宣宗喜好養蟋蟀(古名「促織」)，許多官吏因此競相拍馬，被稱為「促織天子」。同時，明宣宗打破明太祖留下的宦官不得干政的規矩，一些太監如王振等人開始干政，為明英宗時期的太監專權埋下隱患。1435年明宣宗去世，九歲的朱祁鎮繼位，即明英宗，年號正統。
明英宗自小寵信服侍左右的宦官王振，自此開始明朝的宦官嚴重專權行為。1442年限制王振權勢的張太皇太后去世，當時明英宗僅十五歲，王振更加攬權。元老重臣「三楊」死後，王振專橫跋扈，將明太祖留下的禁止宦官干政的敕命鐵牌撤下，舉朝稱其為「翁父」，明英宗對他信任有加。王振擅權七年，家產計有金銀六十餘庫，其受賄程度可想而知。
1435年蒙古西部的瓦剌逐漸強大，經常在明朝邊境一帶生事。1449年瓦剌首領也先率軍南下伐明。王振聳使明英宗領兵二十萬御駕親征。大軍離燕京後，兵士乏糧勞頓。八月初大軍才至大同。王振得報前線各路潰敗，懼不敢戰，又令返回。回師至土木堡(今日河北省張家口懷來縣)，被瓦剌軍追上，士兵死傷過半，隨從大臣有五十餘人陣亡。明英宗突圍不成被俘，王振為將軍樊忠所怒殺，史稱土木堡之變，是明朝由盛轉衰的一個轉捩點。
土木堡之變的消息來到北京後，朝中混亂。一些大臣要求遷都南京應天府，被兵部侍郎于謙駁斥。同年，大臣擁戴明英宗弟朱祁鈺即位，以求長君，即明景帝(又稱明代宗)，年號景泰。于謙升兵部尚書，整頓邊防積極備戰，同時決定堅守北京，隨後京師、南京、河南、山東等地勤王部隊陸續趕到。同年十月，瓦剌軍直逼北京城下，也先安置明英宗於德勝門外土關。于謙率領各路明軍奮勇抗擊，屢次大破瓦剌軍，也先率軍撤退。明朝取得北京保衛戰的勝利，于謙力排眾議，加緊鞏固國防，拒絕求和，並於次年擊退瓦剌多次侵犯。瓦剌方面認為綁架明英宗已無意義，於1450年釋放之。然而明景帝因為皇權問題，不願意接受明英宗，先是不願遣使迎駕，又把明英宗困於南宮(今南池子)軟禁，並廢皇太子朱見深(明英宗之子，後來繼位為明憲宗)，立自己的兒子朱見濟為太子。不久見濟病死，沒有兒子的景帝也遲遲不肯再立朱見深為太子，儼然有奪正之貌，英宗、景帝兄弟因而嚴重對立 。
1457年石亨、徐有貞等人聯盟，欲擁戴明英宗復辟。趁著景帝重病之際發動兵變。徐有貞率軍攻入紫禁城，石亨等人佔領東華門，立明英宗於奉天殿，改元天順。他們禁錮了景帝，並且捕殺了于謙及大學士王文，史稱奪門之變。由於兩次即位之故，明英宗也成為入主中原的明清皇帝中，唯一使用兩個年號的皇帝。明英宗復辟後，略有新政，廢除自明太祖時殘酷的殉葬制度。之後因為內部政變流放徐有貞，因為曹石之變誅殺石亨、曹吉祥等人，並且以李賢等賢臣掌政。1464年明英宗去世後，兒子朱見深即位，即明憲宗，年號成化。
明憲宗為于謙冤昭雪，恢復景帝的帝號，平反奪門一案，人多稱快。但明憲宗口吃內向，因此很少廷見大臣，終日沉溺於亦妻亦母的萬貴妃，寵信宦官汪直、梁芳等人，晚年好方術。以至奸佞當權，西廠橫恣，朝綱敗壞，民不聊生。明憲宗直接頒詔封官，是為傳奉官。這使得傳奉官氾濫，舞弊成風，直到明孝宗才全被裁撤。他也是皇莊的始置者。該舉措事實上鼓勵豪強門閥兼併土地，危害不淺。宦官汪直受到明憲宗的寵信，張狂跋扈，透過西廠大肆冤殺普通民眾與官員。不久後由於民憤四起，西廠被罷，但汪直依然握有大權。直到1482年汪直因言官彈劾才被貶。成化一朝群小當道：女寵、外戚、佞幸、奸宦、僧道共聚一堂，朋比為奸，濁亂朝政。1487年明憲宗去世，其子朱祐樘繼位，即明孝宗，年號弘治。
明孝宗自幼於貧寒出身，曾有被萬貴妃加害的危險。其在位期間「更新庶政，言路大開」，使得自明英宗以來的陋習得以去除，被譽為「中興之令主」。明孝宗先是將明憲宗時期留下的一批奸佞冗官盡數罷去，逮捕治罪。並選賢舉能，將能臣委以重任。明孝宗勤於政事，每日兩次視朝。明孝宗對宦官嚴加節制，錦衣衛與東廠也謹慎行事，用刑寬鬆。明孝宗力行節儉，不大興土木，減免稅賦。他本身踐行一夫一妻制，一生除張皇后外沒有任何妃嬪。明孝宗的勵精圖治，使得弘治時期成為明朝中期以來形勢最好的時期，明史也稱明孝宗「恭儉有制，勤政愛民」，被稱為弘治中興。1505年明孝宗去世，其子朱厚照即位，是為明武宗，年號正德。
及至明武宗一朝，宦官勢力重新抬頭，其歸因於武宗精於遊樂，怠於政事。不過，其禍患本身並未危及皇權，雖有劉瑾、谷大用等八虎為非作歹，但始終未曾如唐朝末年的宦官擅權情況，並且劉瑾等人最終仍被武宗處以極刑。武宗的喜好游逸，最終導致孝宗一脈絕嗣。並且致使大明統系發生第二次小宗入為大宗的情況。明武宗的荒游逸樂導致正德年間戰事頻生，先後發生韃靼達延汗(明史稱韃靼小王子)進犯、寧夏安化王朱寘鐇謀反、山東劉六劉七民變、江西寧王朱宸濠謀反等重大事件。1520年明武宗假藉出征江西寧王為由而南下遊玩，以大將軍朱壽為名前往南京，親自俘虜已被王守仁擊敗的寧王。班師回京途中，於南直隸清江浦(江蘇淮安)泛舟取樂時落水染病，1521年於豹房駕崩。
明武宗駕崩後，明孝宗之侄，興獻王之子朱厚熜入嗣大統，是為明世宗，年號嘉靖。登基前後，因時任內閣首輔楊廷和、禮部尚書毛澄等權臣引宋濮安事強令明世宗尊親生父母為皇叔父母，引起明世宗的反感，是為大禮議之爭。最終明世宗在張璁等不服權臣此舉的朝官支持下得以尊父母為皇帝與皇后、立太廟在明武宗之上、修皇帝實錄。這次政治風波使反對者被罷官或被入獄，受杖者一百八十餘人，杖死者十七人。
1534年後明世宗即不視朝，但仍悉知帝國事務，事無鉅細仍出於明世宗決斷。明世宗信奉道教，信用方士，在宮中日夜祈禱。先是將道士邵元節入京，封為真人及禮部尚書。邵死後又大寵方士陶仲文。1542年十月，乾清宮發生楊金英、邢翠蓮等宮女十餘人與寧嬪王氏趁明世宗熟睡之際企圖將其勒死，但未成功，此即壬寅宮變。此事後，直至明世宗駕崩前一晚，明世宗遷離大內移居西內。明世宗寵信權臣嚴嵩，他藉此排斥異己，結黨營私。其子嚴世蕃協助其父作惡。朝臣雖然不斷有人彈劾嚴嵩結黨營私，但均以失敗告終。世宗晚期，嚴嵩年事已高，朝臣徐階開始取代嚴嵩之位。1562年徐階策動言官彈劾首輔大臣嚴嵩。嚴嵩辭去官職回鄉。1565年嚴世蕃以通倭罪被判斬刑、嚴嵩被削為民，兩年後病死。
嘉靖一朝，國家外患不斷。北方韃靼趁明朝衰弱而佔據河套。1550年韃靼首領俺答進犯大同，宣大總兵仇鸞重金收買俺答，讓其轉向其他目標。結果俺答轉而直攻北京，在北京城郊大肆搶掠之後西去，明朝軍隊在追擊過程中戰敗，此為庚戌之變。由於世宗時期明朝宣佈海禁，由日本浪人與中國海盜組成的倭寇與沿海居民合作走私，先後襲擾山東、浙江、福建與廣東等地區。朱紈、張經等將領受明廷干擾而未能平定倭寇。而後兵部尚書胡宗憲署理浙江巡撫兼浙直總督全力剿倭，招撫浙江勢力最強的汪直。戚繼光與俞大猷平定浙閩粵等地的倭寇，為後來隆慶開關建立好背景。另外葡萄牙人在1557年開始移民澳門，但及至明亡，葡萄牙人及澳門始終為廣東布政司香山縣管轄。1566年明世宗駕崩，皇太子朱載垕即位，即明穆宗，年號隆慶。
明穆宗即位後，先後任用徐階、高拱與張居正等名臣。1567年位處執政之首的明世宗舊臣徐階策動朝官彈劾高拱，迫高拱辭官回鄉。高拱亦不甘示弱，一年後策動朝官彈劾徐階。徐階也被迫正式退休。朝廷的實際政務漸漸落到張居正的手上。隆慶末年，高拱回朝出任內閣首輔。隆慶朝名臣名將薈萃，陸上與韃靼首領俺答汗達成和議，史稱俺答封貢；海上開放民間貿易，史稱隆慶開關；因為這兩項措施與其他改革措施，明朝開始進入中興時期，史稱隆慶新政。1572年，明穆宗因中風突然駕崩，年僅九歲的皇太子朱翊鈞繼位，即明神宗，年號萬曆。
由於明神宗年幼，於是由太后攝政。重臣高拱由於與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官；相反的，張居正得到馮保的鼎力支持。張居正輔政十年，推行改革，在內政方面，提出「尊主權，課吏職，行賞罰，一號令」，推行考成法，裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔。1393年明太祖時期，全國耕種田地有三百六十六萬零七千七頃，到1502年明孝宗時期也只上升到四百廿二萬八千零五十八頃。經過張居正的治理後於1581年達到七百零一萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，以名將戚繼光守衛北京的重鎮薊州、以遼東李成梁安撫東北女真、以宣大王崇古、方逢時安撫韃靼，其他重臣如四川的劉顯、兩廣的殷正茂、凌雲翼、浙江的張佳胤，張居正也十分信任他們。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時張居正嚴懲貪官污吏，裁汰冗員。張居正整頓朝正，改革體制，史稱萬曆中興。
1577年張居正父親去世，按常理他需要丁憂(解職回鄉守孝三年)，但張居正以為改革事業未竟，不願丁憂。他的政敵藉此大做文章，此即為奪情之爭。最後在明神宗和兩太后的力挺下張居正被奪情起復(免於在家守孝)，使得其改革並未被中斷。但是，這成為他的政敵之借口。同時，張居正利用自己的職權讓自己的兒子順利通過科舉進入翰林院。張居正死後立刻被反對改革的政敵清算。張府一些來不及退出的人被囚禁於內，餓死十餘口。生前官爵也被剝奪。
張居正死後初期，明神宗尚能保持對朝政的興趣，但隨著朝野清算張居正勢力後，明神宗開始疏於上朝。在國本之爭後，更是採取消極態度怠政。明神宗在位期間對內有東林黨爭、國本之爭與萬曆怠政等嚴重事件；對外則有萬曆三大征與後金崛起等大型戰役。萬曆一朝成為明朝由盛轉衰的轉折期 。國本之爭是貫穿於明神宗中期至晚期的重大政治事件。主要是圍繞著皇長子朱常洛與福王朱常洵(鄭貴妃所生)繼承皇位之爭。由於皇后無嗣，明神宗偏愛皇三子朱常洵，不願立皇長子朱常洛為太子，令群臣憂心如焚，朝中上下也因此分成兩個派別。直到1601年在皇太后的強迫下，朱常洛才被封為太子，而朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利後，福王才離京就藩，太子朱常洛的地位也因而穩固。
明神宗於國本之爭對大臣極度不滿，於1587年開始以不上朝作為報復，僅處理一些重要事件。明神宗元旦不視朝、早朝不視朝，整日沉浸在花天酒地之中，每年還進行選美，平時好營建，經常大興土木。大理寺左評事上疏，稱明神宗沉湎於酒、色、財、氣，結果被貶為民。明神宗中後期財政困難，因此明神宗派太監為天下礦監和稅監以充實內庫，然而礦監稅使大多假借名義搜刮民間財產，擾亂天下。由於明神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。1602年，南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府廿五名。明神宗委頓於上，百官黨爭於下，明廷完全陷入空轉之中。因此明史言：「論者謂：明之亡，實亡於神宗。」，部分史學家認為明朝自此開始走向滅亡。
由於朝政混亂，部分中下階官吏在政治上受到排斥，紛紛要求政治改革，並強調道德標準。1593年癸巳京察促成東林黨的形成，其名稱源自顧憲成創辦的東林書院。主持京察的孫鑨、李世達和趙南星，利用京察將不符他們標準和不屬於東林黨的官吏降職解僱。經過多次京察後，引起眾多反對黨如宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等興起並與東林黨互相傾軋。自此門戶之禍堅固而不可拔，圖使朝政空轉內耗。明熹宗時閹黨專權，東林黨受到嚴重打擊，直到明思宗初期才重新被啟用。
在對外軍事方面，以萬曆三大征最為顯著，分別為平定蒙古哱拜叛變的寧夏之役、抗擊日本豐臣政權入侵朝鮮王朝的朝鮮之役，以及平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役，這三場戰爭幾乎同時發生，其性質均不相同。明朝於三戰皆勝以鞏固明朝邊疆、守護朝鮮王朝，但也消耗大量人力物力，成為國庫空虛、財政拮据的重要原因之一。粗略統計出這八年間國家的軍事開支高達一千一百六十餘萬兩白銀。1617年後金努爾哈赤以「七大恨」為由反明，兩年後在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝至此對後金改以防禦為主的策略。
1620年明神宗去世。其長子朱常洛登基，即明光宗，年號泰昌，在位儘一個月。他發內帑賞賜在遼東前線明軍，重用東林黨人使朝政轉危為安，並且罷除天下礦監稅使。福王生母鄭貴妃為了攏絡明光宗，他進獻八位美女。明光宗縱慾過度不久病倒，太監崔文升進以瀉藥而狂瀉，又因服用李可灼的紅丸而猝死，史稱紅丸案。明光宗逝世後，其寵妃李選侍欲居乾清宮，以挾皇長子朱由校自重。都給事中楊漣、御史左光斗等，為防其干預朝事，逼迫李選侍移到仁壽殿噦鸞宮，此即移宮案。皇長子朱由校最後得以繼位，即明熹宗，年號天啟。梃擊案、紅丸案與移宮案合稱明末三大案，是萬曆晚期國本之爭的延續，使得明廷的政治鬥爭更加劇烈，也是標誌著明末衰亡的開始。
明熹宗在位期間，政治更加腐敗黑暗。明熹宗由於幼年喪母，對乳母客氏有特殊感情。客氏與宦官魏忠賢狼狽為奸。明熹宗早期大量啟用東林黨人，結果導致東林黨與其它黨鬥爭不斷，明熹宗因此對朝政失去耐心，魏忠賢藉此機會干預政治，將齊楚浙黨的勢力集結，號為閹黨。1624年閹黨控制內閣，魏忠賢更加張狂，其爪牙遍佈中央與地方。在權勢最盛時，魏忠賢的養子竟能代替皇帝祭太廟。全國遍佈他的生祠，並號為九千歲後又稱九千九百歲。更有閹黨的國子監生提出魏忠賢配孔子，魏忠賢父配啟聖公。魏忠賢並大肆打擊東林黨，借「梃擊、紅丸、移宮」三案為由，唆使其黨羽偽造《東林黨點將錄》上報朝廷，1625年明熹宗下詔，燒燬全國書院。大量東林黨人入獄，甚至處死。由於閹黨水準低下，政理不修。國家內部饑荒頻傳，民變不斷，外患持續，明朝已經陷入風雨飄搖之境地。1626年北京西南隅的工部王恭廠火藥庫發生王恭廠大爆炸，造成2萬多人死傷。1627年明熹宗不慎落水病重，不久因霍維華之藥而去世，其五弟信王朱由檢繼位，即明思宗，年號崇禎。
明思宗即位後，銳意剷除魏忠賢的勢力以改革朝政。他下令停建生祠，逼奉聖夫人客氏移居宮外，最後押到浣衣局處死。下令魏忠賢去鳳陽守陵，魏忠賢於途中與黨羽李朝欽一起自縊，明思宗將其首級懸於河間老家，閹黨其它分子也被貶黜或處死。然而黨爭內鬥激烈，明思宗不信任百官，他剛愎自用，加強集權。當時東北方的後金(即後來的清朝)佔領遼東地區，袁崇煥等人於遼西寧遠、錦州等抵禦後金可汗皇太極的入侵。1629年皇太極改採繞道長城以入侵北京，袁崇煥緊急回軍與皇太極對峙於北京廣渠門。經六部九卿會審，最後殺袁崇煥，史稱己巳之變。其後皇太極多番遠征蒙古，終於在六年後徹底擊敗林丹汗，取得了傳國玉璽，1636年在盛京稱帝，改國號為大清，即清朝。並且陸續發起五次經長城入侵明朝直隸、山東等地區，史稱清兵入塞。當時直隸連年災荒疫疾，民不聊生。遼西局勢亦日益惡化，清軍多次與明軍作戰，最後於1640年佔領錦州等地，明軍主力洪承疇等人投降，明朝勢力退縮至山海關。
明朝中期之後時常發生農民起事，崇禎時期本身朝政混亂與官員貪污昏庸；與後金的戰爭帶來大量遼餉的需求以及清兵的掠奪；以及因為小冰期氣候變冷，農業減產帶來全國性饑荒，這些都加重明朝百姓的負擔。1627年，陝西澄城饑民暴動，拉開明末民變的序幕，隨後王自用、高迎祥、李自成、張獻忠等農民起事，最後發展成雄踞陝西、河南的李自成與先後佔領湖廣、四川的張獻忠最後成立大西政權。1644年李自成建國大順，三月，李自成率軍北伐攻陷大同、宣府、居庸關，最後攻克北京。明思宗在煤山自縊，明朝亡。李自成攻克北京後，縱容部將在京城內大肆搜刮遂失民心。原為明將、鎮守山海關的吳三桂帶領清軍入關，並於一片石戰役擊敗大順軍。清朝攝政王多爾袞與順治帝入關，北京成為清朝的首都。李自成退回陝西，最後被清軍圍殲於湖北，大順亡。
明朝滅亡後，在南方尚有勢力，史稱南明。南明主要勢力有四系王，分別是福王弘光帝朱由崧、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿𨮁、桂王永曆帝朱由榔等。當南明滅亡後，又有鄭成功建立的明鄭與夔東十三家軍抗清。1644年北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護明思宗的堂兄弟福王朱由崧稱帝，即弘光帝，史稱南明。1645年清朝派多鐸率大軍南下南京，此時弘光帝昏庸，大權由閹黨餘孽掌握，江北四鎮各自為營，最後陸續瓦解。清軍攻破史可法死守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。此期間清軍發起揚州十日、江陰八十一日與嘉定三屠等大屠殺以鎮壓反抗的漢人。
弘光帝死後，魯王朱以海於浙江紹興監國；而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即隆武帝。然而這兩個南明主要勢力互不承認彼此地位而互相攻打。1651年在舟山群島淪陷後，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門。隆武帝屢議出師北伐，然而得不到鄭芝龍的支持而終無所成。1646年，清軍分別佔領浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝於汀州逃往江西時被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由於其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死後，其弟朱聿𨮁在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，於同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔於廣東肇慶稱帝，即永歷帝。
1646年永曆帝獲得瞿式耜、張獻忠餘部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支援之下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領先後反正，例如1648年江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而於同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先後佔領湖南、廣東等地。兩年後，李定國、孫可望與鄭成功發動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京。然而，各路明軍因為距離互相難以照應，內部又發生孫可望等人的叛變，第二次反攻以節節敗退告終。1661年，清軍三路攻入雲南，永曆帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達收留。後吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發動政變，殺死其兄後繼8月12日，莽白髮動咒水之難，殺盡永曆帝侍從近衛，永曆帝最後被吳三桂以弓弦絞死，南明亡。
此時反清勢力只剩夔東十三家軍與在金廈的鄭成功(史稱明鄭)。李自成餘部在湖南抗清失敗後，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，稱為夔東十三家軍。1662年清軍開始攻打之，到1664年首領李來亨被殺而亡。鄭成功在南京之戰失敗後退回金廈，於1661年率軍遠征荷蘭人佔據的台灣島成功，明鄭領有台灣，定都東寧(今台灣台南)。其子鄭經曾參與三藩之亂，率軍參與反攻失利。1683年，清朝康熙帝命施琅為水師提督進攻台灣。明鄭主鄭克塽率眾投降，明鄭亡。
